百团大战一结束，就引起争论：这个战争是不是应该打？还有人指责，正是由于百团大战，才会有两年后的敌人对华北加倍进行残酷进攻。到1945年延安整风、华北座谈会、中共七大时，人们批判彭德怀达到了一个小高潮。
面对这些指责，彭德怀反复作了多次检讨。在检讨中，彭德怀既充分肯定百团大战的积极意义，又十分勇敢地从个人方面认真核对其不足。彭德怀说：这次破袭战，相当严重地破坏了敌人的交通运输，消灭了相当多的伪军和伪组织，摧毁了敌伪军在我根据地内为数不少的堡垒，收复了不少县城，缴获了大量物资，是抗日战争中缴获最多的一次。
这次战役大大提高了华北人民群众敌后抗日的胜利信心，对日寇当时的诱降政策以及东方慕尼黑阴谋以很大打击，给蒋管区人民以很大兴奋。此役也给了投降派又一次打击，提高了共产党领导的抗日军队的声威，打击了国民党制造所谓八路军“游而不击”的谣言。蒋军有后方接济、国际援助，八路军深处敌后，毫无援助，为照顾大局，还能进行百团大战，把抗日救国的神圣事业引为己任。让全国人民去评断，去教育自己。在对日大规模破袭战中，我军也取得了一部分攻坚经验，更利于以后我们开展敌后武工队的活动。在华北伪军、伪组织中的瓦解工作也迅速开展。大片解放区的恢复，改变了两面负担的局面，减轻了人民痛苦。
此役胜利的消息传到延安，毛主席立即给我来电说，“百团大战真是令人兴奋，像这样的战斗是否还可组织一两次？”所以这次战役是取得了不少胜利的。
但是，我在这个问题上是有错误的。这个错误主要表现在我对日军向我进攻的方向估计得不对。本来敌人准备进攻中原及打通粤汉路和湘桂路，而我以为（据我们情报工作者的报告）是要进攻西安，怕敌人进占西安后，截断中央（延安）同西南地区的联系（实际上这种顾虑是不必要的）；更没有估计到日本法西斯打通粤汉路，是为了便利进行太平洋战争。如果当时看破了敌人这样的战略企图，那就再熬上半年时间，或者等敌人进攻长沙、衡阳、桂林以后，兵力更加分散时，我军再举行这次大规模的破袭战役，其战果可能要大得多，其意义也要大得多。然而，是过早举行了那次战役。虽然在战役上取得了胜利，但是却推迟了日军打通粤汉路和湘桂路的时间（约一个月时间），而减轻了当时日军对蒋介石的压力。在客观上是起了援助蒋介石的作用。由于进行了这次破袭战役迫使日军从华东、华中调回一个师团的兵力，加强了对我华北根据地之进攻。特别是太行山区，在敌人的“三光”政策下（这个杀光、烧光、抢光的三光政策，是在1939年夏就提出的），人民遭受了一些可以避免的损失。再者，破袭战役后期，我也有些蛮干地指挥。此役在太行山区破袭时间搞的太长了一些，连续搞了1个月，没有争取时间休整，敌伪军即行扫荡。在敌军扫荡时，日军一般的一个加强营附以伪军为一路。我总想寻机歼灭敌军一路，使敌下次扫荡不敢以营为一路，以使其扫荡的时间间隔扩大，有利于我军民机动。我这一想法是不符合当时实际情况的。因部队太疲劳，使战斗力减弱了，使129师伤亡多了一些。
上面这些后果的责任，是应当由我来负的。但是我认为，对于这次战役的估价，不能离开当时我们所处的环境和当时担负的任务。如果抛开这些，而侧重于从另一方面来说“就是为了维护蒋介石的统治”“就是资产阶级思想的战略方针”，我认为这样来分析和推论一次战役行动，是有点过分，因为当时战役的胜利，实际上比损失要大得多……
我认为百团大战在军事上是打得好的，特别是在打了反摩擦战役之后，必须打反日的百团大战，表示我们是为了抗日才反摩擦的。这才能争取广大的中间势力。在当时，只有抓住敌后的敌后空虚，给以突然猛袭，才能有力地调动敌人，给予打击，恢复大片抗日根据地。在敌后碉堡密布的情况下，组织这样统一有计划的破袭，是不容易的。百团大战的胜利，对于揭露日、蒋各项欺骗宣传是有利和有力的，对于积蓄力量是非常必要的。如果当时还不给敌伪以必须和可能的打击，根据地就会变为游击区；我们就不会有近百万正规军、二百万基干民兵，和广阔的解放区作为解放战争的战场，给进犯的蒋军以适时的打击。
抗日时期，人民战争有了发展，比红军时期进了一步。如大规模的地道战、地雷战、麻雀战等多种多样的战法，各种各样的武器都加以利用了。武装编组也是多种多样的。如普通民兵、基干民兵；村乡有小组、区有区干队、县有独立团、营或支队。在百团大战后，发展了武装工作队（武工队），它是党、政、军、民统一的组织形式，他们的一般政策水平比较高，善于分析具体情况；他们对每一个斗争对象非常灵活机动，处处为人民利益着想，把合法斗争与非法斗争结合得特别巧妙。这些都是在毛泽东人民战争思想指引下，逐步成长起来的，可惜的是还没有系统地整理起来。