就在海会寺验尸后的第二天，京中浙江派官员大大松了一口气的时候，另一派官员却被惹恼了，并开始出面运动要坐实此案。
这一派官员以四川总督丁宝桢为首，大部分人为两湖籍，并多为地方大员，被称为两湖派。丁宝桢并未受贿，他反对查办此案的理由很简单，不能为了区区一个举人就一下子处理这么多官吏。当然，这些将被处分的官吏大多是两湖籍人，自太平军事件后，两湖人在长江南北做地方官的人很多。
两湖派纷纷上折子请求皇上（折子上称皇上，实为由两宫定夺）不要翻此铁案。丁宝桢上折子说，杨乃武风流成性，亦非善类，此是铁案，证据确凿，若是翻案，恐令天下的地方官寒心。
大学士宝鋆是刘锡彤乡榜同年，也上折子说，人死已逾三年，毒气早就消失，毒消则骨白，怎么能够凭着骨是黄白色，即断定不是毒死是病死呢？
云贵总督李宗羲上折曰：若因此案使浙江县、府、臬、藩、抚一大批官员受到处分，则谁谓天下太平耶？意思是这个案子要翻了，就是给大清国脸上抹黑。
就连浙江巡抚杨昌睿竟也上了一个折子，说这个案子即使需要由刑部直接审理，也没必要将那么多所谓的证人都带到京中。使得江浙一带民心不稳，而且被传的证人也不能正常营生。意思是朝廷小题大作，滋扰民众。
浙江派官员虽然大多是不掌实权，只管言论清议的京官，但也不甘示弱。纷纷上折子，针锋相对，弹劾杨昌濬、胡瑞澜等地方大员平日草菅人命，甚至某些封疆大吏更是目无朝廷，力请重加惩办。
两派争吵不休，把个审案的刑部夹在中间，左右为难。
刑部汉尚书桑春荣本是浙江绍兴人，受了京官浙江派的鼓动，一心要为家乡人出气，所以起先想认真查办此案。这个人年轻的时候是很有魄力的，曾经因平反大狱而享誉朝野，所以才能在一点家庭背景都没有的情况下，一直做到刑部尚书从一品大员的位置。但此时的桑春荣已经是七十四岁的老人了，年老颟顸，对此案本无主见，一任司官办理。别人说要平反，为浙江本籍人作些事情，他亦主张平反；丁宝桢跑到他面前气势汹汹的一吓，他又拿不定主张，再不敢出面参革了。对于本来已经审定应当参革各员的疏奏，一改再改，迟迟不向上交复。
在这件案子中，刑部满尚书皂保心中本是没有什么偏倚的。只是因为汉尚书桑春荣当初要求严审，而且自己也觉的案子有冤，作为刑部尚书应当查清其中的隐情，所以开始查案的力度也很大。待两湖派和浙江派吵的不可开交时，他觉着自己偏着哪方都有些不当。倒把平冤的心思放下了，一心只想着自保。
两个尚书都不想惹事，所以刑部平反的疏奏，从光绪二年一直拖到光绪三年，仍然迟迟不能上奏。
光绪三年二月时，两派的矛盾终于激化。
二月初十上午巳时二刻的时候（上午九点半），刑部衙门的中门突然被打开了。中门只有重要人物进衙的时候，才能够打开，这个重要人物不是别人，就是丁宝桢。
丁宝桢带着几十名戈什哈，自己打开中门冲了进来。那些戈什哈，一个个着戎装挎佩刀，横眉立目，雄纠纠的走在刑部大院里。刑部里的京官们哪儿见过这阵势，不但不敢拦着，就是问也不敢问一声。
早有人报了两位尚书，皂保一听丁宝桢又来了，急忙道：“这孙猴子又来捣乱，三十六计走为上，还是不招惹他的好。”拨了腿就从后门溜了。
桑春荣也不含糊，知道自己腿脚慢，不能象皂保那样溜的快，急忙叫了一个随从，往他背上一趴，说声快走，也跑了。
丁宝桢本是向两位尚书施压，让他们重审翻案的，但还是让这两个人溜走了。只好转回头来对着刑部官员一个个点着名字大声斥骂。剩下刑部大小官员，没有一个人说话，更不敢与他争辩，只闷声挨着骂。
丁宝桢正骂在兴头上，突然有人道：“丁大人，刑部是奉旨提审勘验，是非出入自有‘圣裁’，您来刑部这么这么做是代表当今皇上么？”
丁宝桢吃了这么一句话，竟噎住了，回头看，见是刑部侍郎袁保恒，就是前文提到的袁世凯的堂叔。
丁宝桢恨骂道：“你是什么东西？竟敢与我顶嘴？我看承办此案各级官员并无不是，不应给予任何处分，主犯仍应按照原拟罪名处决。袁保恒，你吃了杨家多少银子，倒为杨家说话？”
这时几名戈什哈已经围了上来，手扶佩刀，紧盯着袁保恒。刑部各官都为袁保恒捏着一把汗，生怕他一句话说错，便在刑部院里被狠揍一顿。
袁保恒面不改色道：“丁大人，我再说一遍，刑部是奉旨提审勘验。此系刑部职权，并非是外官可以轻易干预的。如果您非要认为刑部做的不对，请与我一同到老佛爷那边说理。下官甘愿奉陪。”
丁宝桢听袁保恒把慈禧都抬了出来，又是一个愣神，心知这个人不好惹，点点头道：“好，既然你口口声声是奉旨。你就等着再奉旨重审吧。”说罢，悻悻而去。
丁宝桢并未能使刑部的天平倾向于两湖派，但另一个人却做到了。
丁宝桢大闹刑部衙门的当天晚上，一辆马车悄然停在皂保府前的黑漆大门外，一个人快步走出马车，走到府门口，递上禀贴。守门的门丁见上面有浙江巡抚杨昌睿的名字，急忙将来人请进门房少歇，另有人将禀贴递了进去。
皂保正在鸦片榻上吞云吐雾，一左一右立着两个女婢侍候着，听说来人是浙江杨昌睿派来的密使，急忙坐起身，叫人请到后院书房内，又接过女婢手中的毛巾揩了脸，穿衣整容，走了出去。
皂保方坐到书房内不久，那个人已经被引进来，见了面作揖道；“大人，我是奉了浙江巡抚杨大人之命，特从浙江策马星夜赶来，有要事相告。”
皂保是久经官场的人了，晓得他们是为了什么事，轻轻笑道：“这里没有外人，有事尽管讲来。”
那人道：“杨大人特地嘱托小的，知道您是刑部德高望重的大臣。所以杨乃武一案，还万望您能从中卫护，疏通关节。”
皂保听此人说的直接，不由得谨慎起来，道：“名贴上写着你叫做章抡香。我与杨昌睿也是有些交情的，却从来没有听说过他的幕府之中有这个名字啊？如果说是新来的，这种机密之事，又岂能用你？”
章抡香笑道：“实不相瞒。小的原是杭州知府陈鲁的首席刑名师爷，与杨大人向来亦是惯熟的。同治十三年，杨大人跟前的师爷杨同瑞辞了馆，杨大人就问陈知府把我要了过去。因为时日不长，所以您不认得。”
“噢，是这么回事。”
“大司寇是本朝的功臣世胄，刑部的大权都捏在你老手中，你老只要不出面参革，谅他人也无可奈何。”章抡香说着，从袖中掏出一张银票，轻轻放到皂保面前。
皂保一看，是源丰票号的十万两银票，他不动声色的收到袖中，笑道：“目前朝廷正是用人之际，杨昌睿无论是带兵沙场还是为政一方都是有些本事的。况且他当初与左宗裳左大人共同办理军务，剿灭长毛有功，并成为生死之交。就是看在左大人的面子上，我也要想法为之圆转。”
“谢大人，万望大人疏通开恩，事成之后，我们杨大人还要来京面谢。”