退一步讲，就算那些断肢是派克曼博士的遗骸，警方和公诉方也没有作出真正的死因鉴定。本案中的受害者到底是因颅骨碎裂而死，如一些人根据那些在冶炼炉里发现的骨头碎片所推测的，还是因左胸受伤而死，如那副胸腔所显示的？普利尼·梅里克说，公诉方甚至没有在他们的法庭辩论中提到这一点。“死因尚且不明，那又如何谈得上‘因暴力或犯罪致死’？”
再退一步讲，就算派克曼博士确实为韦斯特教授所杀，也没有证据证明是“有预谋的”。普利尼·梅里克详细地分析了派克曼博士和韦斯特教授在性格上的反差，经济地位上的反差，特别是罗伯特·肖证词中关于矿石抵押的那段话。普利尼说，从这宗公案的前因后果来看，我们可以“安全地”假定，派克曼博士在乎的倒不一定是钱，虽然钱永远是债权人和债务人关系之所在。真正令博士气恼的，是他认为自己被韦斯特教授糊弄了、欺骗了，所以他才会说出“这是一种彻头彻尾的诈骗行为，理应受到惩罚”，“他要去找韦斯特教授，给他一点教训”之类的话，所以他才会多次闯入韦斯特教授的住宅和实验室，并当众对他进行羞辱。
如果派克曼博士确实是在1849年11月23日下午1点半以后的某一刻，死在了韦斯特教授的实验室，可能的情形只能是，两个人之间发生了争执，而且非常可能是激烈的争执。争执过程中派克曼博士意外死亡。普利尼·梅里克说，原因很简单，派克曼博士的咄咄逼人是有目共睹的，而韦斯特教授，据我们许多德高望重的证人们的证词，其性格特征中几乎完全没有冲动的成分，暴力的因素，或犯罪的倾向。“而且请注意，在这些证人作证的过程中，公诉方甚至没有交叉取证，一次也没有！这不能不被看做是一种默认。”
普利尼·梅里克继续构筑他的所谓“案情经过”，他说或者是韦斯特教授失手误伤了派克曼博士，或者是派克曼博士急火攻心，失去了身体的平衡或自制能力。但无论是哪种情况，其后果对韦斯特教授来讲都是一样的——他觉得自己就是“跳进乔尔斯江也洗不清”，所以才出此下策，毁尸灭迹。
之后，普利尼·梅里克花了很长的篇幅向陪审员们解释“预谋杀人”和“过失杀人”之间的区别，这在当时和后来都被法学界人士认为是被告方的一个重大失误。因为，第一，被告方在本案中作的是“无罪抗辩”，即如韦斯特教授自始至终所坚持的，他没有杀害派克曼博士；第二，在整个庭审过程中，法庭辩论的焦点也是围绕着韦斯特教授“是否杀人”，而从未引入过“为何杀人”的讨论。然而现在，被告方却在最后的总结性发言里毫无前因地大谈“预谋杀人”和“过失杀人”，不仅冲淡了陪审员们对“是否杀人”的印象，更引导他们去作“为何杀人”的考虑。往严重一点讲，可以说是使被告方前面所有的努力都功亏一篑，其后果是不言而喻的。
在长达7小时的发言接近尾声时，普利尼·梅里克终于如韦斯特教授的朋友们一直期望的那样，开始对伊弗任·利托菲尔德发起攻击。他说伊弗任口口声声讲，他那么劳命费力地爬过60英尺隧洞，在令人窒息的地下室里一锤一钎地钻开五层砖墙不是为了赏金，只是为了弄清楚事情的真相，试问，既然伊弗任怀疑韦斯特教授，为什么不向警方报告？既然他知道“楼里所有的地方都已经翻遍了”，唯有化学实验室的排污管道例外，为什么不请求警方进行搜查？星期三下午，当他因为墙壁烫手而翻窗进入韦斯特教授的实验室时，为什么没有查看卫生间？他认为教授在冶炼炉里生火很可疑，为什么当时没有检查炉膛？星期五那天，既然他在见到崔诺蒙警官之前“已经在墙上凿了一个大洞”，马上就可以见分晓了，为什么告诉该警官“过20分钟或半小时再来”？难道他不希望在砖墙挖开时有其他人在场？还有，排污管道在地下室里蜿蜒了“八九英尺”，为什么那些残肢刚好就摆在砖墙洞开处？
“听上去倒像是他自己放在那里的。”普利尼·梅里克说，“而且我认为，就是他放在那里的。”
但在最后的几分钟里，普利尼再次偏离航道。他说还有一种可能，就是韦斯特教授和伊弗任以外的另一个目前尚不为人所知的“神秘的第三者”杀害了派克曼博士，而后将他的尸体或部分尸体藏在哈佛医学院内。可以想象，在派克曼博士放贷的过程中，和他生出龃龉，结下私仇的肯定不会只是韦斯特教授一人。普利尼引用韦斯特教授被捕当晚对警方说过的一句话：“我不相信那些就是派克曼博士的遗骸，但我确信，我根本就不知道它们是如何跑到医学院里来的。”普利尼·梅里克对陪审员们说，这便是约翰·韦斯特教授无辜的写照。“他不能告诉你们那些断肢是怎样被藏进医学院的，他无法解开这些使他自己身陷囹圄的谜团。正因为他清清楚楚地知道自己不是作案人，他向你们指示了那位‘神秘的第三者’的存在——那是一个公诉方提交法庭的所有证据都无法排除的极其合理的可能性。”
公诉方的总结性发言从庭审第11天，3月30日，星期六的上午9时开始。
州检察长乔恩·克立夫首先将矛头指向被告方最强有力的辩护点——不止一位证人发誓，他们在1849年11月23日下午1点半以后看见派克曼博士活着——但不是直指。检察长说，如果陪审团有充分的理由相信，警方在哈佛医学院找到了派克曼博士的遗骸，而且有足够的证据将“囚犯”和那些遗骸联系起来，那么，有人在那天或任何一天，看见或没看见派克曼博士，又有什么关系呢？