上帝用最简明的规则建造了无比精妙繁复的宇宙，而今天，人类仅仅用0和1两个元素就建构了一个高踞于人类智慧之上的上帝。
副研究员林达的死留下许多疑问。警方从一开始就不相信是自杀，但调查几个月后仍没有他杀的证据，只好把卷宗归到“未结疑案”中。引起怀疑的主要线索是他留在电脑屏幕上的一行字（他坐在单身公寓的电脑椅上，死亡原因是服用了过量安眠药），但这行字的意义扑朔迷离，晦涩难解：
养蜂人的谕旨。不要唤醒蜜蜂。
很多人认为这行字说明不了什么，它是打在屏幕上的，不存在“笔迹鉴定”的问题。因而可能是外人敲上的，甚至可能是通过网络传过来的。但怀疑派也有他们的推理根据：这行字存入记忆的时刻是13日凌晨点15分，而法医确定他的致死时间大约是13日凌晨3点半到4点半，时间太吻合了。在这样的深更半夜，不会有好事者跑到这儿敲上一行字。警方查了键盘上的指纹，只发现了林达和他女友苏小姐的。但后来了解到，苏小姐有非常过硬的不在现场的证据——那晚她一直在另一个男人的床上。
这样就只有两种可能：或者，这行意义隐晦的字是林达自己敲上去的，可能是为了向某人或警方示警；或者，是某个外人输进去的，但他绝不会是游戏之举而是怀着某种动机。不管哪种可能，都偏向于支持“他杀”的结论。
调查人第一个询问的是科学院的公孙教授，因为他曾是林达的博士生导师，林达死后，他又曾在同事中散布过林是“自杀”的猜测。调查人觉得，先对观点与自己相左的人进行调查是比较谨慎的，可以避免先入为主的弊病。当然这只是原因之一，是那种比较讲得出口的原因。实际上呢……人们都知道警方的一条原则：报案人的作案可能性必须首先排除。
公孙教授的住宅很漂亮，他穿着白色的家居服，满头白发，眉目疏朗。对林达之死他连呼可惜，说林达是他最看重的人，一个敏感的热血青年。他还算不上最优秀的科学家（因为他太年轻），但他有最优秀的科学家头脑，属于那种几十年才能遇上一个的天才，他的死亡是科学界的巨大不幸。至于林达的研究领域，他说是比较虚的，是研究电脑的智力和“窝石”，他的研究当然对人类很重要，但那是从长远的意义而言，并没有近期的或军事上的作用，“绝不会有敌对国家为了他的研究而下毒”。
谈话期间他的表情很沉痛，但仍坦言“林达很可能是自杀”。因为天才往往脆弱，他们比凡人更能看穿宇宙和人生的本质，也常常因此导致心理的失衡。随后他流畅地列举了不少自杀的科学天才，名字都比较怪僻，调查人员未能记录（保存有录音），只记得提到一人是美国氢弹之父费米的朋友，他搞计算不用数学用表（那时还没有计算机），因为数学用表上所有的数据他都能瞬时心算出来，这个细节给调查人员的印象很深。但此人三十多岁就因精神崩溃而自杀。公孙教授说：
“举一个粗俗的例子，你们都是男人，天生知道追逐女人，生儿育女，你们绝不会盘根究底，追问这种动机是从哪儿来的。但天才能看透生命的本质，他知道性欲来自荷尔蒙，母爱来自黄体胴，爱情只是‘基因们’为了延续自身而设下的陷阱。当他的理智力量过于强大、战胜了肉体的本能时，就有可能造成精神上的崩溃。”
调查人员很有礼貌地听他说完，问他这些话是否暗示林达的死“与男女关系有关”。很奇怪的是，公孙教授的情绪在这儿有了一个突然的变化，他不耐烦地说，很抱歉，他还有课，失陪。说完就起身送客。调查人员并未因他的粗暴无礼而发火，临走时小心地问，他刚才所说的电脑“窝石”究竟是什么东西，“肯定那是极艰深的玩意儿，我们不可能弄懂，只是请你用最简单的语言描绘出一个大致的轮廓”。
公孙教授冷淡地说：“以后吧，等以后我有时间。”
第二个被调查者是林达的女友苏小姐。她相当漂亮，可以说是性感，那时天气还很凉，但她已经穿着露脐装，超短裙，一双白皙的美腿老在调查人的眼前晃荡。两个调查者对她的评价都不高，说她绝对属于那种“没心没肺”的女人，林达尸骨未寒，她已经谈笑风生了，连点悲伤的神情也不愿假装，甚至有调查人在场的情况下，她还在电话里向某个男人发嗲。
苏小姐非常坦率，承认她和林达“关系已经很深”，不过早就想和他拜拜了，因为他是个“书呆子，没劲”。不错，他的社会地位高，收入不错，长得也相当英俊，但除此之外一无可取。幽会时林达常皱着眉头走神，他的思维已经陷入光缆隧道之中，无法自拔，那是狭窄、漫长而黑暗的幽径。他相信隧道尽头是光与电织成的绚烂云霞，上帝就飘浮在云霞之中。林达很迷恋他的女友，迷恋她高耸的乳胸、修长的四肢、浑圆的臀背及其他种种妙处，即使在追踪上帝时，他也无法舍弃这具肉体的魅力，公孙教授的分析并不完全适合他，但幽会时他又免不了走神。“我看近来他的神经不正常，肯定是自己寻死啦！”
关于林达死于“精神失常”的提法，这是第二次出现，调查者请她说一些具体的例证，苏小姐说，最近林达把白蚁啦，蚂蚁啦，黏菌啦经常挂在嘴边。比如他常谈蜜蜂的“整体智力”，说一只蜜蜂只不过是一根神经索串着几个神经节，几乎谈不上智力，但只要它们的种群达到临界数量，就能互相密切配合，建造连人类也叹为观止的蜂巢。它们的六角形蜂巢是按节省材料的最佳角度建造的，符合数学的精确。对了，近来他常到郊区看一个放蜂人……
调查者立即联想到电脑屏幕上的奇怪留言，不用说，这个放蜂人必定是此案的关键。他们请她尽量回忆有关此人的情况。苏小姐说，我真的不清楚，他是一个人骑摩托车去的，大概去过3次，都是当天返回，所以那人肯定在京城附近。林达回来后的神情比较怪，有时亢奋，有时忧郁，说一些不着边际的话，什么“智力层面”等，我记不住，也没兴趣听。
调查者当然也盘问了案发那晚她的活动，确信她不在现场，便准备告辞。这时苏小姐才漫不经心地说，噢，对了，林达有一件风衣忘在我家，里边好像有放蜂人的照片。听了这句话，调查人的心情真可以用喜出望外来形容。衣袋里果然有一厚叠照片，拍的大多是蜂箱和蜂群，只有一张是放蜂人的。那人正在取蜜，戴着防蜂蜇的面罩，模样不太清晰。但蜂箱上提供了宝贵的信息，上面有红漆写的地址：浙江宁海桥头。
调查进行到这儿可以说是峰回路转。老刑侦人员常有这样的经历：看似容易查证的线索会突然中断，看似山穷水尽时却突然蹦出一条线索。3天后，调查人已经来到冀中平原，坐在这位放蜂人的帐篷里。四周是无边无际的油菜花，闪烁着耀眼的金黄。至于寻找此人的方法，说穿了很简单。他们知道这些到处追逐花期的放蜂人一般都不自备汽车，而是把蜂箱交火车或汽车运输。于是，他们在本市联运处查到了浙江宁海桥头张树林在15天前所填的货运单据，便循迹追来了。
不过见面之后比较失望。至少，按中国电影导演的选人标准，这位张树林绝对不是反派角色。他是个矮胖子，面色黑红，说话中气很足，非常豪爽健谈。可能是因为放蜂生活太孤单了，他对两位不速之客十分热情，逼着客人一缸一缸地喝他的蜂糖水，弄得调查人老出外方便。帐篷里非常简陋，活脱一个21世纪的中国吉普赛。一张行军床上堆着没有叠起的毛毯，饭锅是用三块石头支在地上，摔痕斑斑的茶缸上保留着“农业学大寨”的红字。他的唯一同伴是他的小儿子，一个非常腼腆的孩子，他向调查人问声好，就躲到外边去了。
放蜂人的记忆力极好，20天前的往事像是照了相似的，记得纤毫不差。一看到那叠照片他就说没错，是有这么个人找过我几次，姓林，三十一二岁，读书人模样，穿着淡青色的风衣和银灰色毛衣，骑一辆嘉陵摩托，车牌号是京E00120。“我们俩对脾气，谈得拢！聊得痛快！”
问他究竟谈了什么，他说都是有关蜜蜂生活习性的，便滔滔不绝地说下去。调查人接受了这番速成教育，离开时已经变成半个蜜蜂专家了。老张说：蜜蜂靠跳“8”字舞来指示蜜源，“8”字的中轴方向表示蜜源相对太阳的角度；蜜蜂中的雄蜂很可怜，交配后就被逐出蜂巢饿死，因为蜂群里不养“废人”；养蜂人取蜜不可过头，否则冬天再往蜂箱里补加蜂蜜时，它们知道这不是它们采的，就会随意糟蹋；蜂群大了，工蜂会自动用蜂蜡在蜂巢下方搭三四个新王台，这时怪事就来了！勤勉温驯的工蜂突然变得十分焦躁，它们不再给蜂王喂食，并成群结队地围着它，逼它到王台中产卵，王台中的幼虫就是以后的新蜂王。新王快出生时，有差不多一半的工蜂跟着旧蜂王飞出蜂箱，在附近的树上抱成团，这时放蜂人就要布置诱箱，否则它们会飞走变成野蜂。进入新箱的蜜蜂从此彻底忘了旧巢，即使因某种原因找不到新巢，宁愿在外边冻死饿死也决不回旧巢，就像是它们的记忆回路在离开旧巢时咔嚓一下子给剪断了！这时旧巢中正热闹呢，新蜂王爬出王台后，第一件事就是寻找其他王台，把它咬破，工蜂会帮它把里边的幼虫咬死。不过，假如两只蜂王同时出生，工蜂们就会采取绝对中立的态度，安静地围观着这场决斗，直到其中一只被刺死，它们才一拥而上，把失败者的尸体拖到蜂箱外。“想想这些小生灵真是透着灵气，不说别的，你说分群时是谁负责点数？那么大的数可不好点哪，它们又没有十个指头。”
林达与放蜂人并肩立在如雪的杏花里，白色的蜂箱一字儿排在地头，黄褐相间的小生灵在他们周围轻盈地飞舞。它们有自己的社会，有自己的数学和化学，有自己的道德、法律和信仰，有自己的语言和社交礼仪。一只孤蜂不能算是一个生命，它绝不可能在自然界存活下去。但蜂群达到一定数量后，就产生一种整体智力。所以，称它们为“蜂群”不是一个贴切的描述，应该说它们是一个叫做“大蜜蜂”的生物，而单个蜜蜂只能算做它的一个细胞。智力在这儿产生突跃，整体大于个体之和。林达对着养蜂人礼拜，林达对着蜂群自言自语，他说这些小生灵可以让我们彻悟宇宙之大道。他认真地追问老张，蜂群“分群”的临界数量是多少，但他又反过来说，精确数值是没有意义的，只要大略了解有这么一个“数量级”就行。放蜂的老张弄不明白这些话。
调查人员第二次听到“临界数量”这个词。这个词听起来有点神秘，也多少带点危险性（他们都知道核弹爆炸就有一个临界质量）。但他们针对这个词的追问得不到放蜂人的响应。老张只是夹七夹八地扯一些题外话，他指着那张戴面罩的照片说，这张照片是林先生特意给我照的，林先生说要寄到我家，不知道寄了没有。“本来不是取蜜期，他非要我戴上防蜂罩为他表演。他说我带上它像是戴上皇冠，说我是蜜蜂的神，蜜蜂的上帝。这个林先生不脱孩子气，净说一些傻话。”
调查人很敏锐，从这句平常话中联想到苏小姐说的“精神失常”，便调头紧追下去。老张后悔说了这句话——他不想对外人说林先生的“缺点”。在再三追问下他才勉强说，对，林先生的确说过一些傻话。他说过，老张你“干涉”了蜜蜂的生活——你带它们到处迁徙寻找蜜源，你剥夺了它们很大一部分劳动成果供人类享用，你帮它们分群繁殖，如此等等。但蜜蜂们能察觉这种“神的干涉”吗？当然这肯定超出它们的智力范围，但它们能不能依据仅有的低等智力“感觉”到某种迹象？比如，它们是否能感觉到比野蜂少了某种自由？比如，当养蜂人在冬天为缺粮的蜂群补充蜂蜜时，它们是否会意识到有一只仁慈的“上帝之手”？它们糟蹋外来的蜂蜜，是否是一种孩子式的赌气？“林先生把我给逗笑了，我说它再聪明也是虫蚁呀，它们咋能知道这些。我看它们活得蛮惬意的。不过，”他认真地辩解着，“林先生绝不是脑子有问题，他是爱蜂爱痴了，钻到牛角尖里了。”
调查人对谈话结果很失望，这条意外得来的线索等于是断了。他们曾把最大的疑点集中在“养蜂人”身上，但是现在呢，即使再多疑的人也会断定，这位豪爽健谈的张树林绝不是耍阴谋的人。两人临告辞时对老张透露了林先生的不幸，放蜂人惊定之后涕泪滂沱，连声哽咽着“好人不长寿，好人不长寿哇”。
调查人又到了北大附中，林达的最后一次社会活动是来这里为学生做了一场报告。当时负责接待的教导处陈主任困惑地说，这次报告是林达主动来校联系的，也不收费。这种毛遂自荐的事学校是第一次碰上，对林达又不熟悉，原想婉言谢绝的，但看了那张中国科学院的工作证，就答应了。至于报告的实际效果，陈主任开玩笑说：“不好说，反正不会提高这次期中考试的成绩。”
他们用随机抽样的方法喊来了5个听过报告的学生，两男三女，拘谨地坐在教导处的木椅上。这是学校晚自习时间，一排排教室静寂无声，窗户向外泻出雪亮的灯光，光怪陆离的霓虹灯在远处的夜空中闪亮。学生们的回答不太一致，有人说林先生的报告不错，有人说印象不深，但一个戴眼镜女生的回答比较不同：
“深刻，他的报告非常深刻，”她认真地说，“不过并不是太新的东西。他大致是在阐述一种新近流行的哲学观点：整体论。我恰好读过有关整体论的一两本英文原著。”
这个女孩个子瘦小，尖下巴，大眼睛，削肩膀，满脸稚气未脱，无论年龄还是个头显然比其他人小。陈主任低声说，你别看她其貌不扬，她是全市有名的小天才，已经跳了两级，成绩一直是拔尖的，英文最棒。调查人请其他同学回教室，他们想，与女孩单独谈话可能效果更好些。果然，小女孩没有了拘谨，两眼闪亮地追忆道：
什么是整体论？林先生举例说，单个蜜蜂的智力极为有限，像蜂群中那些复杂的道德准则啦，复杂的习俗啦，复杂的建筑蓝图啦，都不可能存在于任何一只蜜蜂的脑中。但千万只蜜蜂聚合成蜂群后，这些东西就自然而然地产生出来——为什么如此？不知道。人类只是看到了这种突跃的外部迹象，但对突跃的深层机理毫无所知。又比如，人的大脑是由140亿个神经元组成，单个神经元的构造和功能很简单，不过是根据外来的刺激产生一个冲动。那么哪个神经元代表“我”？都不代表，只有足够的神经元以一定的时空序列组合在一起，才会产生“窝石”……
调查人又听到“窝石”这个词，他们忙摆摆手，笑着请她稍停一下。小姑娘，请问什么是窝石？我们在调查中已经听过这个词，不会是肾结石之类的东西吧，从没听过脑中也会产生结石。
小女孩侧过脸看看他们，有笑意在目光中跳动。她忍住笑意耐心地说，“我识”就是“我的意识”，就是意识到一个独立于自然的“我”。人类婴儿不到1岁就能产生“我识”，但电脑则不行，即使是战胜卡斯帕罗夫的“深蓝”，它也不会有“我”的成就感。“这是说数字电脑的情形，自从光脑、量子电脑、生物元件电脑这类模拟式电脑问世以来，情况已经有了变化。林先生在报告中也提到了‘标准人脑’和‘临界数量’……”
调查人员相对苦笑，心想这小女孩怕是在用外星语言谈话！他们再次请她稍停，解释一下什么是“标准人脑”，这个名词听上去带点凶杀的味道。女孩简单地说，这只是一个度量单位啦，就像天文距离的度量可以使用光年、秒差距、地球天文单位一样。过去，数字电脑的能力是用一些精确的参数来描述，像存储容量（比特）、浮点运算速度（次／每秒）等。对于模拟电脑这种方式已不尽适合，有人新近提出用人脑的标准智力做参照单位。这种计算方法还没有严格化，比如对世界电脑网络总容量的计算，有人估算是100亿标准人脑，有人则估算为10000亿，相差悬殊。“不过林先生有一个非常精辟的观点，他说，精确数值是没有意义的，不管是多少，反正目前的网络容量早已超过临界数量，从而引发智力暴涨，暴涨后的电脑智力已经不是我们所能理解的层面……”
调查人员很有礼貌地打断她的话，说很感谢她的帮忙，但是不能再耽误她的学习时间了，再见。然后苦笑着离开学校。
他们还询问了死者的祖父祖母（林达的父母不在本地）。按采访时间顺序来说他们是排在第三位，但调查报告中却放到最后叙述。这可能是一种暗示——暗示写报告者已倾向于接受林达祖父对死因的分析。那天他们到林老家中时，客厅里坐满了人，一色是60岁以上的老太太，头上顶着白色手巾，都在极虔诚极投入地祈祷着。林老急忙把两人让进他的书房，多少带点难为情地解释道，这都是妻子的教友，她们在为死者祷告。
他对爱孙的不幸十分痛心，因为他知道孙子是一个天才，知道他一直在构筑一种代号“天耳”的宏大体系，用以探索超智力，探索不同智力层面间交流的可能性。但在谈到林达的死因时，林老肯定地说是自杀，这点不用怀疑，你们不必为它耗费精力了。因为林达死前来过一次电话，很突兀地谈了宗教信仰问题，“可惜我们没听出他的情绪暗流，我们真悔呀。”
林老说，近两年他老伴一直在向孙子灌输宗教信仰，不过她的努力一直毫无成效。看得出来，孙儿只是囿于礼貌才没有当面反驳奶奶。但在那次奇怪的电话中林达突兀地宣布，他已经树立了三点信仰：1.上帝是存在的；2.上帝将会善意地干涉人类的进程，但这种干涉肯定是不露形迹的；3.人类的分散型智力永远不能理解上帝的高层面的思维。“我不知道他为什么突然获得了宗教的感悟，也不知道他为什么讲给我听，而不是他奶奶。”林老缓缓地摇着头，苦涩地说，“我不赞成他信教，但我觉得这三个观点倒是可以接受的，它实际上正符合西方国家开明放达的现代宗教观。不过孙子当时的情绪相当奇怪，似乎很焦灼，很苦恼。他在电话里粗鲁地说，正因为我确定了上帝的存在，我才受不了这个鬼上帝。我不能忍受有一双冥冥在上的眼睛看着我吃喝拉撒睡，就像我们研究猴子的取食行为和性行为一样。尤其不能忍受的是，我们穷尽智力对科学的探索，在他看来不过是耗子钻迷宫，是低级智能可怜的瞎撞乱碰。这样的人生还有什么意义！我和妻子当然尽力劝慰一番，可惜我们没听出他的情绪暗流，我们真悔呀。”林老摇着白发苍苍的头颅，悲凉地重复着。
调查人怀疑地问，他真的会仅仅为这种异想天开而自杀？林老说会的，他会的，我们了解他的性格。林老自嘲地苦笑道，这正是林家的家风，我们对于精神的需求往往甚于对世俗生活的需求——可惜我见事迟了一步，没能劝转他。调查人告别他下楼，看见他妻子在门口同十几位教友们话别，教友们严肃地说，上帝会听到我们的祷告，一定会的，达儿一定会升入天堂。两人扭头看看林先生，林先生轻轻摇摇头，眸子中是莫名的悲哀。
那个星期六晚上，戴眼镜的小女孩做完作业，迫不及待地趴到电脑屏幕前。那是父母刚为她购置的电脑。一根缆线把她并入网络，并入无穷、无限和无涯。光缆就像是一条漫长的、狭窄的、绝对黑暗的隧道，她永远不可能穿越它，永远不可能尽睹隧道后的大千世界。她在屏幕上看到的，只是“网络”愿意向她开放的、她的智力能够理解的东西。但她仍在狂热地探索着，以期能看到隧道中偶然一现的闪光。
林达在台上盯着她，林达盯着每一个年轻的听众，他的目光忧郁而平静。这会儿没人知道他即将去拜访死神，以后恐怕也没人理解他这次报告的动机。林达想起了创立“群论”的那位年轻的法国数学家伽罗瓦，他一生坎坷，关于群论的论文多次被法国科学院退稿——那时世界上还没有一个人能理解它。后来爱上一个不爱他的女人，为此在一场决斗中送命。他在决斗前夜通宵未眠，急急地写出群论的要点。至今，在那些珍贵的草稿上，还能触摸到他死前的焦灼。草稿的空白处潦草地写着：来不及了，没有时间了。来不及了，没有时间了。
他为什么在死前还念念不忘他的理论？也许只有他和林达能互相理解。
林达说，蜜蜂早就具备了向高等文明进化的三个条件：群居生活、劳动和语言（形体语言）。相比人类，它们甚至还有一个远为有利的条件：时间。至少在6000万年前，它们已经建立了有效的蜜蜂社会。但蜜蜂的进化早就终结了，终结于一个很低的层面上（相对于人类文明而言）。为什么？生物学家说，只有一个原因，它们的脑容量太小，它们没有具备向高等智力发展的物质基础。如此说来，我们真该为自己1400克的大脑庆幸——可是孩子们啊，你们想没想过，1400克的大脑很可能也有它的极限？人类智力也可能终结于某个高度？
没有人向女孩转述过林达的遗言：不要唤醒蜜蜂。不过，即使转达过，她也可以不加理会的，因为她年轻。