智利和秘鲁以及玻利维亚之间爆发的这场战争，之所以被称之为鸟粪战争或者硝石战争，一个最主要的原因就是这是围绕阿塔卡马沙漠的鸟粪和硝石资源展开的。战争当中，智利独力应对秘鲁和玻利维亚两国。两国的人口都比智利多得多。但是，最终的结果却是智利取得了战争的胜利。
在智利海军击败了秘鲁海军和玻利维亚海军之后，在总参谋长加蒙迪亚上将的命令下，智利陆军也发起了进攻。两个步兵旅从北部边境出发，进入阿塔卡马沙漠中部，攻击驻防这里的玻利维亚守军。不过，因为沙漠之中的地理和气候的关系，加上交通条件的限制，在这个方面，智利不可能投入太多的军队的。
智利陆军主攻的方向，反而是太平洋沿岸的那些重要城市。在智利海军取得了制海权之后，可以轻易的护送陆军进行登陆作战。
1858年4月8日，一个旅的六千多名智利陆军在6艘军舰的护送下，在伊基克要塞附近登陆，秘、玻联军进行殊死抵抗，但当时玻利维亚陆军装备低劣，部队里充斥着脚蹬凉鞋、穿着五花八门服装的印第安人，他们没有步枪等火器，只有原始的弓箭和十字弩，这也使“南美太平洋”成为世界上最后一场使用弓弩作战的战争。智利军队获胜并迅速地占领了秘鲁的塔拉帕卡省全境。
6月4日，智利军队在秘鲁伊洛和帕科查港登陆，占领莫克瓜，通过沙漠地带，在塔克纳和阿里卡两次战役中打败了玻利维亚和秘鲁联军。至此，玻利维亚失去了所有太平洋沿海领土，而秘鲁海军则全军覆没。即便玻利维亚陆军和秘鲁陆军在兵力上有着绝对的优势，但是老旧的火器和冷兵器，根本就不是使用新式武器的智利陆军的对手。以至于他们空有兵力优势，但是在战场上却被打的大败。
1858年8月，三国代表举行谈判，但秘鲁拒绝智利提出的议和条件，只同意暂时休战。出于人道考虑，智利允许秘鲁用运输船把被俘的秘鲁伤兵运走，但伤兵人数超过了运输船的装载量，智利将“罗阿号”军舰借给秘鲁方运送伤员。8月18日，“罗阿号”完成任务，拖着一条满载秘鲁提供的水果的驳船返航时，驳船突然发生爆炸，并伤及“罗阿号”。智利政府认为这是秘鲁设下的阴谋，决定采取严厉的报复措施——攻占利马。
1858年9月2日，智利陆军两国步兵旅的军队在智利海军的掩护下，直接在秘鲁首都利马登陆。而此时，秘鲁在立马有两万四千多人的陆军。
尽管，秘鲁的军队是进攻的智利陆军的两倍，但是，士气低落并且装备落后的秘鲁军队在智利军队的进攻之下，根本就无力抵抗。仅仅两天的时间，秘鲁军队就弃城而逃。包括秘鲁总统拉蒙·卡斯蒂利亚在内的秘鲁政府高官们，纷纷逃离了利马。秘鲁的首都，落入了智利陆军之手。
首都被智利人攻占了，这场仗显然没有办法继续打下去了。毕竟，战争打到这个时候，就算秘鲁人和玻利维亚人再傻，也知道他们联手也不是智利的对手了。在这个时候，除了求和之外，似乎已经没有其他的选择了。
于是，秘鲁共和国正式向智利提出了和平谈判的请求。和谈就放在秘鲁的首都利马进行。智利外交部长佩雷斯乘坐军舰背上，在利马城内同秘鲁外交部长米格尔进行了长达三天的谈判。
“米格尔阁下，这场战争到现在已经完全分出了胜负了。我想，秘鲁应该不会再有获胜的机会了吧！”佩雷斯一脸的笑容。智利在这一次的战争当中发挥的太好了，轻易就击败了北面的两个强国，而自身的损失则非常的小。海军仅仅只有几十人的伤亡而已。陆军的伤亡也不过两千人而已。但是，他们却取得了巨大的胜利。秘鲁海军和玻利维亚海军被彻底的消灭，两国的二十万陆军，被歼灭了大半，剩余的少部分也已经失去了继续战斗下去的勇气了。可以说，智利陆海军都取得了辉煌的胜利。
“佩雷斯阁下，你今天是为了羞辱我吗？”米格尔脸色十分的难看。被智利痛扁了一顿，对于他们来说，完全就是一个耻辱。这一次和平谈判，更像是向智利人祈求和平。
“不，米格尔阁下，我可没有羞辱您的意思！智利是一个爱好和平的国家，我们同样希望能够恢复和平，当然，智利共和国的利益必须要得到保证才行！”佩雷斯说道。
“佩雷斯阁下，秘鲁同意智利之前提出的条件，共同组建阿塔卡马沙漠开发公司，所取得的利润，我们三国来进行平分！”米格尔说道。之前，智利人提出了这个建议。但是，却被秘鲁给拒绝了，他们不肯将即将到手的利润分给智利人，以至于智利人穷凶极恶的发动了这一场战争。这固然让秘鲁人心里非常的痛恨，但是，为了国家，他们却不得不向智利人卑躬屈膝。否则的话，他们将会付出更大的代价。
“不不，米格尔阁下。这一个条件是之前提出的。但是现在，这个条件已经不适应现在的情况了！”佩雷斯笑着说道。之前，战争还没有开始的时候，智利不想冒险，如果能够分享阿塔卡马沙漠三分之一的利益，他们就已经满足了。但是现在，智利已经打赢了战争，那么他们的胃口也就更大了。秘鲁人还以为用先前提出的条件能够糊弄智利人，那就是大错特错了。
“佩雷斯阁下，你的意思是？”米格尔脸色一片煞白，他知道，智利人这是要狮子大开口了。
如果，之前同意了智利人的要求，那损失的不过是三分之一的利益而已。但是现在看来，智利人要求的会更多了。
“如果秘鲁想要停战的话，那么，必须要将塔拉帕卡省、塔克纳和阿里卡两地区交给智利！另外，赔偿智利军费五千万金比索！”佩雷斯笑着说道。
“什么？”米格尔顿时就目瞪口呆。塔拉帕卡省以及塔克纳和阿里卡两地区是秘鲁南部的地区。不仅包括了秘鲁占领的阿塔卡马沙漠地区，还包括了秘鲁南部的一些领土，这简直就是要在秘鲁的身上狠狠的宰下一刀啊！另外，秘鲁本来就是一个穷困的国家，五千万金比索的战争赔款，可以直接让秘鲁的财政垮掉了。
“佩雷斯阁下，这样的条件秘鲁是绝对不会答应的！如果答应了这样的条件，秘鲁和亡国有什么区别？”米格尔愤怒的吼道。
“米格尔阁下，如果秘鲁不答应我们的条件的话，那么，你们现在就会被灭国！智利对于秘鲁的其他地区的领土并不敢兴趣，我们只要阿塔卡马沙漠以及秘鲁南部的领土而已！”佩雷斯表现的十分强硬。
面对智利提出的苛刻要求，秘鲁没有办法。毕竟，如果智利铁了心要灭亡秘鲁的话，他们根本就没有办法。
经过三天的讨价还价之后，秘鲁答应将塔拉帕卡省、塔克纳和阿里卡两地区割让给智利，另外三年内偿还智利三千万金比索的战争赔款。
这场战争，使得秘鲁不仅丢掉了整个阿塔卡马沙漠，还丢掉了南部的领土。另外，三千万金比索的战争赔款，更是使得智利背上了沉重的负担。可以说，秘鲁在这一仗当中，已经输的一败涂地了。
秘鲁和智利签署了和平条约，那么就剩下玻利维亚了。智利陆军出动5个步兵旅，共三万余人对玻利维亚发起攻击。面对智利陆军的猛烈攻势，装备简陋的玻利维亚陆军根本就抵挡不了。
在秘鲁退出战争之后，玻利维亚也不想打下去了。他们可不想他们的首都也被智利给占领了，那样的话，他们就会付出更大的代价了。
1858年10月12日，智利和玻利维亚两国的代表在苏克雷进行了一行谈判，玻利维亚希望能够结束这场战争。但是，智利却提出了十分苛刻的要求。智利政府要求玻利维亚将安第斯山脉和太平洋之间的领土全部割让给智利，另外还要赔偿智利两千万金比索的战争赔款。
对于智利提出的苛刻条件，玻利维亚表示了明确的反对。但是，当前线传来玻利维亚的军队再一次被智利陆军击败之后，玻利维亚总统何塞·马里亚选择了妥协。毕竟，如果他们再不答应的话，智利的军队或许就会翻越安第斯山脉，向玻利维亚的核心区域进攻了，连首都苏克雷也会被智利人占领。
10月15日，智利和玻利维亚签署了和平条约，玻利维亚将安第斯山脉和太平洋之间的领土割让给了智利，这使得玻利维亚完全丧失了沿海的领土，成为了一个内陆国家。
而智利，不仅完全得到了阿塔卡马沙漠，还额外得到了不少的领土。加上智利强大的军事力量，已经丰富的自然资源，一个南美的霸主已经初见雏形了。