明军士兵突然发现，敌方的火力一下子稀松了很多，而且冲上城墙的难度大大降低了。
流寇的箭矢、鸟铳、火炮突然之间变成哑巴了，很多云梯也没人看守了，官军爬云梯就跟爬自己房梁一样轻松。更没想到的是，他们登上城墙之后，发现这些流寇要不跑得比兔子还快，要不一碰就“死”，敢拼死抵抗的顶多十有二三罢了。
他们这才确信，北门之流寇依然崩溃！
魔教五行旗在武林联军和十大高手的围剿下，很快只剩下一百多了。在无法施展阵型的情况下，白了他们只是一群玄通境三等的好手，而秦书淮等高手且抛开不，武林联军之中玄通境三等的好手也不少，他们不占什么便宜!
魔教五行旗眼看着这些烂泥扶不上墙的流寇兵四散溃逃，不由都蔚然一叹：我堂堂日月神教竟然与这些乌合之众为伍，真是奇耻大辱！
但是事已至此，如今他们陷入重围，便是想跑也跑不得了，反正这么多弟兄都去了，那便拼了一死，与他们同去吧。
我日月教徒，有死无降！
在五行旗爆发最后的能量进行决死一战之时，大批的流寇兵从城头沿着墙阶撤了下来。下头的督战队一开始还杀几个阻拦一下，但是城墙上的流寇兵像流水一样冲下来，把督战队都冲的七零八落。为什么？因为督战队也怕了啊！
于是，很快出现了督战队和逃兵一块跑的奇景。
六月二十日凌晨卯时一刻，在渭南惨败后的第六，官军从西、北、东三面攻入高迎祥的老巢商洛城。
而此时，渭南城的李自成、刘国能以及一众流寇刚刚集结完毕，正准备赶去增援渭南。
商洛城内的高迎祥做梦都没有想到，官军竟然能在一夜之间就攻入了商洛城。惊慌失措的他立即安排大军进行巷战，阻挡汹涌而来的官军。
但是此时城内流寇士气已崩，加上他们本来就不是官军对手，哪里还有勇气与官军死战？抛去死在城头的流寇，此时城内还剩下近四万兵马，但是真正在拼死作战的，只有张妙手手下的八千余嫡系。
但是张妙手这些人，大都集中在城东，贺人龙部在夺取城东城墙后，没多久就开了城门，以至于张妙手这八千余人根本来不及布防，只能与官军硬碰硬，接过可想而知。打了不到两刻钟，贺人龙手下这群如狼似虎的兵就已经合围了张妙手的部队，以摧枯拉朽之势展开围剿。没过多久，张妙手就发现大势已去，只得组织队伍突围。
而其他流寇部队就更不经打了，往往没抵抗几下就向官军投降了！
在城内某处的高迎祥知道大势已去，急忙从一条密道出城，因为情况紧急他只带出去了一千多兵马，但是不巧的是，官军吸取了安康城的教训，在城外遍布马哨，他这一千多人出了暗道后还没走多久，就被马哨发现了。
马哨飞速跑去禀报洪承畴，洪承畴二话不，立即派了两千骑兵上去追。傻子都知道高迎祥出了商洛之后只有渭南一城可去，所以骑兵直接向南追就好了。
高迎祥部从狭的暗道出来，自然没有马匹，因为不多久就被骑兵追上了！
一千步兵遇上两千骑兵，其结果可想而知。官军马兵只一个冲锋就冲散了高迎祥的部队，这些人立即作了鸟兽散，往附近的山丘跑去。
好在还没亮，夜幕给他们的逃跑制造了便利。高迎祥在两百多忠心的亲卫保护下，也慌忙逃进了一处中山。
马兵的统领的是张啸，他又岂会放过这个立大功并且给弟兄们报仇的好机会，立即命令所有马兵下马，进山搜捕，同时又派人回城去报信，要洪承畴派更多的兵马来搜山！
高迎祥在亲卫的保护下，拖着略肥的身躯，没命地在山上跑。官军也很有经验，虽然在他进林子的时候没能看清他是谁，但是就凭他身边护卫最多这点，就认定他就是高迎祥，于是把主要兵力都集中起来，就追他。
逮住贼首高迎祥，这可是大功劳，可以谁抓住他谁这辈子吃穿就不用愁了，所以官军都像脱了缰的野狗一样拼了命。
高迎祥的体态略胖，自然跑不太快，于是他的亲卫只好背着他跑。
不过就算这样，官军还是追了上来。为了拖延官军，一部分亲卫抱着必死的决心，留下来阻拦官军。
靠着亲卫的拼死护卫，加上高迎祥部长期盘踞此地，对此地的地形比官军熟悉，高迎祥终于摆脱了官军的追捕。然而此时，他身边也只剩下四五十人了！
商洛城内的局势很快平定下来。原先四万多流寇守军，约一万六千多人战死，五千多人失踪或者逃跑，剩下的两万三千多人全部投降，做了俘虏。
官军还是第一次俘获这么多降兵，一时间竟然不知道如何安置。后来洪承畴吩咐，这些降兵先一律解除武装，随后用绳索捆住他们的双手，再集中到西城城下，由一万官军将他们包围，听候发落。
此时城内大火越烧越大，由于城内大都是木制结构的建筑，所以很快向民居蔓延，救火成了比寻找漏网之鱼更加紧迫的事情。于是秦书淮立即下令，拨出两万兵去灭火。但此时用水灭火的办法已经行不通了，只好采用拆除过火地带边缘建筑，制造隔离带的办法。
一时间，两万多兵如狼似虎地闯入居民家中，先是不管三七二十一地把里头的百姓全架出来。然后就开始扒屋子，拔不动就用炸药炸。城中百姓不明白原委，呼抢地地大骂官军，好在秦书淮严令官军不得殴打百姓，要不然这些人非挨官军揍不可。
经过的“强拆”，火势终于被控制住了。秦书淮为安民心，迅速派人挨家挨户去统计损失，但凡受灾的住户，他都一律按照市场价的15倍进行赔偿。粗粗一算，这笔赔偿金怎么也得三四十万两，让他不禁又一阵心疼。
不过，很快他就又不心疼了。因为孟威来报，在高迎祥的府上发现了一个巨大的密室，里头堆满了白银、黄金以及各种珠宝，粗粗一算起码价值一百万两！而在城中的银库，也发现了约三十多万两的军饷。原来，高迎祥走得急，根本来不及搬这些沉重的财宝，所以就全留给了秦书淮。