各地各部门争先恐后地在各项计划指标上“放卫星”，陈云心怀疑虑，尽可能委婉地纠正“大跃进”运动中违反科学的做法。
批评反冒进，为冒进扫清了思想上的障碍。经济上的冒进急速升温，建设规模急剧膨胀，形成“大跃进”的狂潮，使陈云关于二五计划要着重解决人民吃穿问题的设想落了空。各个地方、各个部门都相互比着，争后恐后地往上涨，就这样层层加码，一个高指标没过几天就不灵了。
在这种节节拔高生产指标的过程中，陈云的处境很困难。陈云主张制定计划要搞综合平衡，建设规模要和国力相适应。从建国以来他就领导经济工作，这两年又亲自到各地看了看新建厂矿。国家有多大家底，他心里已经有了一本帐。
在这种全国性的狂热中，陈云是较早清醒的一个。他迅即针对发现的问题，采取尽可能委婉的方式，在自己负责的基建工作，组织纠正。
北戴河会议后，9月19日，中央成立基本建设委员会，接收计委原有关基建的工作，由陈云负责。10月12日，陈云担任了国务院基本建设委员会主任，负责领导全国的基本建设工作。他一上任，就组织召开了几大协作区的基本建设工作会议。
当时基建战线热度也很高，计划1959年一年的基建投资就有500多亿元，而“一五”时期整个投资规模才400多亿元。基建投资规模陡然加大，必然会造成物资全面紧张。基建战线盲干浮夸风也开始漫延。陈云多年搞经济工作，对此是有清醒的认识的。但迫于“大跃进”环境，又不便明言，只能委婉地告诫大家注意配套，注意质量。
基本建设工程质量问题也十分严重。为了图快图省，有的工厂建设连地基也没有打好；有的地方在年产5万吨的炼钢车间也用砖木结构，在水利大坝上用土水泥、用不合格的钢材；还有些工程，土法施工，居然连勘察设计的基本程序都不顾了，画张草图就敢上马，工人不经培训，一窝蜂上岗。
这样做的后果是付出生命的代价，还留下了无数的隐患工程，不知道哪天就要死人。据统计，1958年，由于强调快速施工，随意修改设计和建筑结构，随意使用代用材料，随意破除规章制度，发生了许多严重的质量事故，倒塌了不少新建的厂房，死亡人数直线上升。仅建筑工程部系统就死亡435人，而上年是135人，死亡人数增加2.2倍。在这些死亡的人员中，由于工程结构倒坍而死亡的有117人，而上一年只死亡3人；高空作业跌落而死亡的有70人，而上一年只有38人。在因结构倒坍而死亡的人员中，属于钢筋混凝土结构倒坍的46人，木结构倒坍的50人，砖结构倒坍的21人。这些问题，大多数发生在10月以后。
面对这些严重问题，陈云十分痛心。他于1958年底在杭州专门召开全国工程质量问题的现场会议，采取补救措施。
陈云召集杭州现场会的目的，是为了引起全国、全党对工程质量急剧下降的注意，采取措施补救和改变这方面的严重问题。所以，12月27日至31日，陈云又在上海，出席了工程质量补救办法的现场会。
12月31日，陈云回到北京后致信邓小平，送上杭州现场会的材料，并指出：目前在基本建设中，总的趋向是不适当地片面强调节约，只图数量，不顾质量。
由于及时发现了基建工作中的问题，各地按照中央的布置采取了有力措施，使“大跃进”造成的损失有所控制。