开始纠“左”，陈云对高指标的怀疑被一些人当作“右倾保守主义”， 毛泽东却夸奖陈云“真理有时候掌握在一个人手里”。
陈云勇于负责，抱病研究落实钢铁指标北戴河会议后，“大跃进”气氛很浓，毛泽东很高兴。但是不久后，各地情况反映到他那里，他也看到了一些问题。一些极端的作法，毛泽东非常反感。以钢为纲造成国民经济全面紧张，各种矛盾也日益暴露。
在这种情况下，毛泽东自己也开始考虑要压缩空气。他到各地视察，频繁地与有关部门和领导谈话，陈云也多次参加，并抓住机会就高指标等问题向毛泽东进言。
11月28日至12月10日，在武昌举行的中共八届六中全会上，由刘少奇主持召开了几次研讨会，对1959年计划主要指标进行了调整，钢产量由2700至3000万吨降为1800至2000万吨，原煤由 3.7亿吨提高到 3.8亿吨，粮食和棉花产量指标却定为10500亿斤和1亿担，基本建设投资总额由500亿元降为360亿元。
“大跃进”提出“以钢为纲”，赶超英国，是以钢的指标为标志的。钢的指标虽然降下来了，陈云觉得还是难于完成，另外的三大指标仍然很高。
为慎重起见，陈云建议四大指标以不公布为好，并把这个意见向毛泽东的秘书胡乔木说了，但胡乔木并没有把这个情况告诉毛泽东。
据胡乔木后来在庐山会议期间私下对人说，他这是保护陈云，否则到上海会议时，陈云也不能恢复名誉。武昌会议时，王稼祥向刘少奇说，不要公布公社决定，王不敢去向主席汇报，刘少奇转告毛泽东，结果毛大发脾气。
1959年1月18日，新年刚过，毛泽东请陈云和李富春、薄一波、李先念等几位主管财经工作的副总理吃饭，彭德怀出席作陪。
席间自然要谈经济问题和工业问题。陈云表示武昌会议确定的1959年钢煤粮棉的生产计划难以完成，并提出：1959年钢指标问题，我倾向降到1600万吨。
毛泽东听后，停顿了一下，说：那就拉倒。甚至于这个总路线究竟正确不正确，我还得观察。我随时准备修改总路线。
一句话雷霆万钧。把计划指标的问题与党的社会主义建设总路线紧紧联系到一起，具体的经济指标变成了严重的政治问题，形势变得严峻起来。陈云立时感到了巨大的压力。
1959年3月25日至4月5日，为了讨论经济工作、人民公社的整顿工作和国家机构的人事配备，在上海召开了中央政治局扩大会议和八届七中全会。这次会议开始考虑降低钢铁指标和把计划定到可靠基础上的问题。
上海会议之初，胡乔木向毛泽东谈了陈云在武昌会议期间不赞成公布1959年钢煤粮棉四大指标的事。4月2日，毛泽东在会上鼓励大家学海瑞，勇于直抒已见，说“明朝皇帝搞廷杖，甚至当场打死，但还是有臣下敢进言。”无非五怕：怕撤职、怕开除、怕离婚、怕坐牢、怕杀头。他表扬陈云说：我在1月份找了中央几位同志谈经济和工业问题，其中有陈云、李富春、薄一波、李先念、彭德怀。陈云表示了非常正确的态度。他讲武昌会议定的今年的生产计划难于完成。他这个人是很勇敢的，犯错误勇敢，坚持真理也勇敢。在武昌，对是否发表1959年粮、棉、煤、钢指标问题，正确的就是他一个人。今年1月，也是他正确。他的话很有一些同志抵触，我就赏识。我看他这个同志还是经验比较多一点。真理往往在一个人手里。毛泽东还批评胡乔木：你不过是个秘书，副主席的意见敢不报告。
上海会议明确地提出了对“大跃进”的高指标要降温的要求，鼓励提出不同意见，使“大跃进”以来居高不下的狂热有了转机。
1959年4月，陈云特地给中央财经小组各成员写了一封信，针对“大跃进”以来的财经工作出现的问题，专门谈市场问题和计划方法。
陈云的这封信，是对“大跃进”中一系列错误提出的有效纠正办法，其出发点就是先安排好市场，再安排基建。可惜，在“大跃进”的热昏中，这些金玉良言都没有能够起到应有作用，还有人坚决反对。
1959年4月29日和30日，中央书记处连续开会讨论经济形势特别是钢铁指标问题。会议决定，责成陈云领导的中央财经小组研究三个问题：
第一，1959年钢铁指标分成两个，一个是可靠指标，另一个是争取指标；
第二，1959年钢材的分配，要按照本年度确实能够生产的可靠数字来进行；
第三，如果钢材分配的数目减少了，势必要减少一些建设项目，原则上确定，削减基本建设，保证生产的需要，保证市场和维修的需要；在基本建设中，保证石油、化工等部门必不可少的建设项目。
总的精神是稳定阵地再前进。
当时的问题，实质上是钢铁等生产指标过高和基本建设规模过大造成的，要扭转被动，不能不触及钢铁的高指标问题。这是一件十分棘手的工作，因为钢铁生产在那时已成为重要的政治任务，落实指标尽管是中央提出的任务，但在计划指标已经很高的情况下，要实事求是地较大幅度地压下来，不是没有风险的。搞不好，就有沦为“促退派”、“秋后算帐派”的危险。
陈云接受任务后，丝毫也没有因此而退缩。从5月3日到9日，他连续主持中央财经小组会议，听取冶金部的汇报，研究钢铁指标问题，其中1次是汇报钢铁方面总的情况，另外5次是分别按矿石、焦炭、耐火材料、钢铁冶炼、钢材品种5个专题的汇报，然后集中讨论了1次。
1959年5月11日，中央政治局召开会议，听取陈云关于落实钢铁指标的意见，讨论国家计委的报告。
陈云主张钢材定900万吨、钢的生产指标定为1300万吨。即使如此，他还是有保留的。他说，这次对钢铁指标的研究，只限于钢铁工业内部的各个环节，还没有对钢铁工业和其他工业的关系进行综合研究，更没有对整个国民经济其他各部门的关系进行全面研究。仅仅就钢铁论钢铁，来规定钢和钢材的生产指标，还不可能完全妥当。因为钢铁只是整个工业和国民经济中的一个环节，钢铁指标定得是否确当，经过综合研究以后才会看得更清楚。提出1300万吨这个数字，只是初步的，只是提供政治局进行考虑，还不希望做出最后决定。
1959年5月15日，在政治局会议通过落实的钢铁指标以后，陈云专门就钢铁指标问题给毛泽东写了一封信，实事求是地把财经小组落实钢铁指标的考虑和分歧作了汇报。
6月13日，毛泽东主持召开中共中央政治局会议，正式确定1959年钢指标降到1300万吨。毛泽东还用略带自我批评和总结教训的口气，对陈云表示了赞赏。他说：工业也好，农业也好，指标都是我们同意了的。比如，去年12月武昌会议定的2000万吨钢，到了今年1月份，有些同志，以陈云为代表，提出难于完成。可是那个时候还难以改变，人们还想大干一番，要转为上海会议提出的1600万吨好钢的指标不可能，转为现在定的1300万吨也不可能。世界上的人，自己不碰钉子，没有经验，总是不转弯。明年的指标切记不可高，我看大体上就是今年的指标，低一点也可以，搞一个马鞍形嘛。1956年的错误是不应该公开反“冒进”，至于1957年降低指标，完全正确。讲了多少年有计划按比例发展，就是不注意，就是不讲综合平衡。今后7个月，主要是搞好综合平衡。
紧张的工作，使陈云的健康受到严重损害。钢铁指标调整以后，就出去休息了，一直到1961年。
实际结果表明，1300万吨钢并不是一个保守的目标，经过全民动员式的共同奋斗，连一些老百姓家里的铁锅都弄去回了炉，一些小学生也动员起来到处找废铁，而且还是在庐山会议继续“反右倾、鼓干劲”的政治形势下，拚设备、拚劳力，到年终只是勉强完成了1387万吨钢、897万吨钢材。当时为了保钢铁，花了很大代价，挤了其他部门，造成了比例失调。假如不是按照陈云的意见降到1300万吨，还搞1650万吨甚至更多，势必造成更严重的后果。
当然，这一时期的纠“左”，实际上只是在具体工作上的修修补补，始终未能涉及最根本的指导方针的问题。因此，纠“左”也是很不彻底的，效果有限。令人痛惜的是，这样一股纠“左”的势头，没有能够顺势发展。7月，庐山会议把公开对“大跃进”方针持不同意见的彭德怀、黄克诚、张闻天、周小舟等人打成反党集团，并在随后的大规模党内斗争中，又从上到下揪出了一大批“右倾机会主义分子”，大批在认识上和实际工作中不同意乃至抵制“左”的错误的干部群众惨遭错误的批判和打击，加剧了党内政治生活的不正常状况，压制了党内不同意见。“大跃进”的错误进一步发展，最后导致三年困难时期全国性大饥荒的发生。