1928年，林语堂在鲁迅、郁达夫合编的月刊，发表独幕悲喜剧《子见南子》，质疑南子的礼与孔子的礼不相同，“触怒孔子六十户族人”，引起轩然大波；山东曲阜第二师范学校在孔庙附近排演《子见南子》，立即遭到孔子后代孔传堉等人的抗议，六十户孔室族人联名向教育部控告学校校长宋还吾“侮辱宗祖孔子”，虽经查“尚无侮辱孔子情事”，校长仍未能免除池鱼之殃，遭调任处分。
林语堂编《人世间》，以幽默的笔调，直指社会现实，表达了对国民党政府的诸多不满和讥讽。1934年7月，国民党上海党部组织的微风社专门讨论如何声讨鲁迅和林语堂，函请出版界、报界“在鲁迅林语堂作风未改变前”拒绝出版、刊登二人作品，并“呈请党政机关严厉制裁鲁迅林语堂两文妖”，警告二人“迅即改变文风，否则誓与周旋”。
1935年，林语堂主编的《人间世》刊登了周作人的两首《五十自寿诗》，蔡元培、胡适等人纷纷唱和，引起了左翼作家的攻击。野容发表文章说看到《人间世》上刊登的周作人的照片以为是讣告，《人间世》和一样，是“俏皮埋煞了正经，肉麻当作有趣”。胡风讥讽林语堂：“他站在中央，在他的周围站着成群的知书识礼的读者，有的面孔苍白，有的肚满肠肥，有的‘满身书香’，各各从林氏那里分得了‘轻松’，发泄了由现实生活的来的或浓或淡的不快活苦闷，安慰了不满于现实生活而又要安于现实生活的‘良心’。”
林语堂的在西方引起轰动的消息传到国内后，许多人认为林一定发了大财，一些不了解书内容的人认为此书如此受西方追捧，一定是卖国书籍，所以将“My Country and My People”译成“卖Country和卖People”。
孟孔武写《幽默诗人》时杜撰了林语堂死后与孔子对话。孔子说：“我为主编，你也不过曾为主编；我周游列国，你也周游列国；何以我一贫如洗，而足下能豪富至此？其术可闻欤？”林莞尔而笑：“此无他，我不过出卖了一些。”
抗战期间，林语堂发现西方文化中存在科学主义和物质主义等症结，他希望用中国的人文主义传统，来为建立世界和平提供根本依据。林希望沟通中西文化的想法引起了左派文人的讥讽，延安《解放日报》等报刊纷纷发文批判，林语堂认为左派文人相轻、完全不讲理。
郭沫若说林语堂“东方既未通，西方也不懂，只靠懂得一点洋泾浜的外国文，便拾一些皮毛来，在那里东骗骗西骗骗”。又说林“叫青年读古书，而他自己连也读不懂。非但中文不好，连他的英文也不见得好”。林反驳说：“英语好不好，得让英国人或美国人，总之是懂英语的人去批评。你郭沫若没有资格批评我的英语。至于，郭沫若也是读的，我林语堂也是读的。我林语堂读了不敢说懂，郭沫若读了却偏说懂，我与他的区别就是这一点。”
林语堂不止一次在媒体上发表对佛教的评论，常引发卫道人士不满。他在一篇文章《论色即是空》中，把吃迷幻药和佛家“色即是空”的顿悟境界关连在一起。又有一次，林语堂公开表示，在红楼梦中他唯独不爱怀春的妙玉，说妙玉是“色情狂的小尼姑”。此言一出，引发争议。
1968年10月，林语堂在中央日报发表《尼姑思凡英译》，将戏曲《尼姑思凡》译成英文。此次，林语堂再次触怒台湾的佛教界与卫道人士，佛教团体不断致函林表示抗议，质疑《尼姑思凡》含有黄色毒素，以中英对照宣扬广播，是在诋毁佛教，有害社会人心，要求林语堂为妄言道歉。
风波不了了之后，林语堂还是不改利笔，说“在台湾写文章真不容易”，又说：“无意伤及思凡的尼姑，看见一群和尚起来替尼姑抱不平，不亦快哉。”