西安事变发生后，林语堂撰文向美国人说明“张”和“蒋”两个读音的差别，讲述张学良和蒋介石二人政治主张的差别，他说，张软禁蒋的目的是为了逼蒋抗日，按中国人的智慧，西安事变的结果是喜剧，而不是悲剧，张最后不仅会放了蒋，而且会陪着蒋去南京。最后事件的结果果然如林所说。
1937年8月，林语堂在《时代周刊》发表《日本征服不了中国》一文，分析了1931年以来日本逐步侵略中国的过程，预言“最后的胜利一定是中国的”。
1940年5月，林语堂偕夫人与女儿由美返国，在重庆北碚购置了一幢四室一厅的五间居室作为住家。他再次出国时，毅然将该住房捐献给正处在困难中的“中华全国文艺界抗敌协会”。老舍的儿子舒乙回忆，抗战期间，老舍一家就借住在林的这所房子内，而今这里已经挂上了“老舍旧居”的牌子。
为了响应爱国行动，林语堂将著作所得二万三千美元存款，改以银元法币存在中国银行，但抗战后遭遇通货膨胀、币值狂贬，这笔钱形同废纸。
抗战期间，林语堂利用自己在美国的影响力，积极宣传抗日，许多美国民众发起抵制日货行动，史密斯大学的女学生发起不穿日本丝袜运动，罗切斯特书院的数百名女生在礼堂前排队将自己的丝袜扔进垃圾桶，男生们则宣称，不与穿丝袜的女生跳舞。
林语堂经常撰文宣传抗日，指出日本的困境，并指责美国两面手法，不愿援助中国，反而卖废铁、汽油等物资给日本，间接协助危害中国。几十年后，林语堂忆及抗战时的情形，仍动情地说：“我看见中国的驴由中国西北甘肃的油田，驮着宝贵的石油到西南的昆明，我真要为中国哭起来。”
林语堂曾问国民政府军政部长何应钦，在过去几年中，史迪威给了中国什么，何说只有够装备一个师的枪弹而已。林十分愤怒，他说史迪威粗暴而傲慢，就像个独裁暴君，“他来不是帮助中国，他是破坏中美的团结”。
林语堂甚至开始为当年他嘲讽过的国民政府宣传，他在美国的电台上说：“现在重庆的那批人，正是以前在南京的那批人，他们正在撸胳膊，挽袖子，为现代的中国而奋斗。”第二天，赛珍珠的丈夫就警告他不能再说这样的话。
林语堂还积极争取美国中立者的支持，他对许多美国人事不关己的态度十分愤怒，1943年，他发表一文，对英美官方对华的所作所为进行清算，嘲笑他们所谓“中立”态度的愚蠢，他说：“在我国与日本作殊死战时，谁打中国的耳光就同有人伸手打我一样。”
对美国的批评和对国民党政府的支持，也导致了美国人对林语堂的反感。1944年，他的亲国民政府的政论集《枕戈待旦》销路不佳。甚至有人传闻他拿了何应钦两万美元，才如此卖力为国民党宣传。赛珍珠当面问林是否有此事，林回答自己没有拿过中国政府一文钱，仅仅是办了一个“官员签证”，这样就免于用“旅游签证”须每六个月离开美国一次再回去的麻烦。
林语堂对美国政界兴起“两个中国”的说法相当不以为然，多次激烈批判，称美国观念错误，不了解中国人。陈纪滢回忆，林曾对他说，美国人想搞两个中国，不但“不了解蒋介石”，“也不了解毛泽东”。多年后，陈还记得林说话时的神情：“他说这段话时，是站着说的，浑身用力，双拳并举，两眼要迸出火星似的。”