1949年初，国民党溃败，周作人被假释。洪炎秋记载，当时周作人曾动过去台湾的念头，他托学生尤炳圻写信给在台湾的洪，请洪设法安置。洪复函尤，告知老友医师郭火炎将其在北投的别墅借给周居住，并由自己及另一老友张我军负责周的生活费。但之后，洪并没有受到周作人的回复。
而徐淦回忆，有人曾问周作人：“听说胡适有意邀你去台湾，担保你能当上中央研究院院士，有这回事吗？”周摇摇头，表示他肯定不会去。
1949年月左右，周作人悄悄告诉徐淦：“南北通车了，我已经发出一书信给毛润之先生，毛先生在北大当图书馆馆员时见过面。有一次他来八道湾看鲁迅，鲁迅不在家，同我谈了一会。我去信问他能不能让我回北平，还不知道给不给回音。”到8月上旬，周高兴地对徐说：“回音果然来了，是毛先生请周恩来写信给我的，允许我回家。”
唐弢从周恩来处听到，毛泽东看完信后说：“文化汉奸嘛，又没有杀人放火。现在懂古希腊文的人不多了，养起来，让他做翻译工作，以后出版。”
周作人回到北京后，仍居住在八道湾。抗战胜利后，周作人位于八道湾的房产被国民党政府没收，但仅罚没了属于周作人的三分之一，所以周作人一家居住的其实是属于鲁迅和周建人的那部分房屋。解放后，周作人按规定每月交纳租金。
周作人晚年主要从事翻译和写作工作，从解放后一直到文革，他每天伏案写作，偶尔和来访的友人闲聊，其中过从甚密的就是同样是文化汉奸的钱稻荪。钱每次来总是自带一小瓶酒盒下酒菜，自斟自饮，与周作人海阔天空地闲聊。
1952年，周作人受出版社之托，为萧萧校订高仓辉的《箱根风云录》。后来萧萧笑嘻嘻地告诉别人，周作人感叹道：“没想到我今天竟落魄到为萧萧之流校订稿子了。”
1952年，周作人六十七岁生日之际，他在日记中写下“寿多则辱”一语，12年后，他虚岁八十时，将此语刻成闲章，不料一语成谶。
张铁铮回忆：“又一年值人民代表大会选举年，街道上照例用红纸贴出基层居民的选民姓氏光荣榜。我曾亲见选民榜上八道湾十一号选民周信子、周芳子的大名，而周作人则榜上无名。”
1962年，周作人写信给佟韦，说他家在街上买了私人鸡蛋，受到街道监督人员的盘查和训斥，希望佟能帮他解决此事。佟见信后忙到派出所帮忙协调，派出所这才同意周可以随便买鸡蛋。
人民文学出版社每月预付周作人稿费200元，1960年1月起增加至400元。但周作人的钱总是不够花，因为一家三代人都靠他的工资养活。1964年9月，预付的稿费又减至200元，但好在久病的老伴已经去世，不至于无法维持生活。文革开始后，周作人的稿费来源中断，周家只能靠周丰一夫妇的工资维持生活。
王士菁在和周作人接触的十几年中，感觉周总是“缺钱用”。他给王的信函，有一半是在说向出版社要钱之事。他常买书给图书馆，还将一些字画寄往香港出售，但被海关扣下；将日记卖给鲁迅博物馆（周是鲜有的生前就将日记出售的），他在给鲁迅博物馆的信中称，如果日记卖不出去，他将“托钵于市矣”。如果王士菁等人与他谈话过长，觉得耽误了他翻译书稿，于是支付给他相当的稿酬，对此，许广平曾气愤地对王说：“周作人不是律师，你还给他谈话费！”
由于年老体衰，周作人无力握笔，只能用绳子将笔绑在手上写作。即便如此，他在80岁前完成了希腊文作品、48万字的《对话集》的翻译工作。
文洁若因为工作关系，常去周家拜访。无论文何时到，周作人的书房总是窗明几净。书桌上只摆着笔砚、稿纸和原著，此外，连张纸片都不见。文洁若问过周的儿媳张菼芳，是否因为出版社有人来谈工作，所以特地收拾干净了，张说，周作人向来极爱整洁，书稿井井有条，工具书都各有固定的地方，用完必放回原处。他每天伏案工作十个小时以上，都是自己研磨，用毛笔写正楷，从来不用钢笔。他从不打底稿，改动很少，考虑好了才下笔。
晚年，周作人没有余钱买书，有空便翻看以前的旧书，他开玩笑说：“这是炒冷饭。”
闲暇时，周作人便给孙儿孙女们讲笑话，看到孩子们笑的很开心，他也非常高兴。其实，将孩子们逗笑的不是周作人讲的笑话，而是他们健忘的爷爷，因为每次周都讲同样的笑话。
工作累了，周作人便独自摸骨牌消遣，通常是玩“过五关”。后来儿子周丰一学会二来，便从父亲处将骨牌讨了去，用钢笔在装骨牌的名片匣子上注明：“这原是祖母的纪念品。”周作人看到儿子写的字后，重新贴上纸条更正道：“这是曾祖母的遗物。”孙辈们便笑道：“那么这该是咱们的传家宝喽。”
1965年，周作人在给鲍耀明的信中说：“知海外报刊时常提及鄙人，无论是称赞或骂，都很可感，因为这比默杀好得多。”
周作人的遗嘱如是说：“余今年已整八十岁。死无遗恨，姑留一言以为身后治事之指针。尔死后即付火葬或延例留骨灰，亦随便埋却，人死声销迹灭最是理想。余一生文字无足称道，惟暮年所译希腊对话是五十年来的心愿，识者当自知之。”
羽太信子患病期间，为了给妻子筹集药费，周作人将记载了68年的日记卖给鲁迅博物馆。
1966年8月22日，一群红卫兵冲进八道湾，砸了周母的牌位（鲁迅博物馆中，同一位母亲的巨幅遗照受到了万众敬仰）。24日早晨，红卫兵宣布对周作人实行“无产阶级专政”，将他住的日式榻榻米的卧室砸烂，全家被洗劫一空，房子被查封。红卫兵让周作人跪在地上接受批斗，用手中的皮带不断抽打他，让他老实交待罪行。周丰一也被揪来陪斗，红卫兵绑住他的双手，将他推倒在地，连踢带打。他的衣衫浸满血迹，人被打晕过去，被大雨浇醒过来，再斗再打，不让他有一刻喘息的机会。一个红卫兵还把周丰一的手表掠下来带在自己手上。风烛残年的周作人跪在一旁目睹儿子挨打，吓得晕倒在地。
接着，红卫兵命令周作人穿着黑色布衣，身上挂上写着他名字的白布条，任凭人们在窗外观看和辱骂。红卫兵又将周作人等专政对象集合起来游街示众。周作人脖子上挂着沉重的大牌子，面无人色，无力行走，只能跪在地上边呻吟边爬行。
这年8月23日夜，周作人写下最后一篇日记：“晴。二十二度。上午阅毛泽东论文艺，下午吉宜为寄耀辰信又件，内春信等三册。”
周作人被抄家后，鲁迅博物馆的工作人员叶淑穗等人去看望了他：“当我们走进他被关的小棚子里时，眼前呈现的一切确实是惨不忍睹。昔日衣帽整齐的周作人，今日却睡在搭在地上的木板上，脸色苍白，身穿一件黑布衣，衣服上钉着一个白色的布条，上面写着他的名字。此时，他似睡非睡，痛苦地呻吟着，看上去已无力站起来了，而且几个恶狠狠的红卫兵却拿着皮带用力地抽打他，叫他起来。看到这种情景，我们还能说什么呢？只好赶快离开……”
周家的房子被封，后罩房正对着的“老虎尾巴”被红卫兵占领，用于监视周氏一家，周作人只能蜷缩在后罩房的屋檐下，过了三天三夜。周家的老保姆悄悄做点食物，给他们送过去。天下起雨来，周作人的儿媳张菼芳硬着头皮去央求红卫兵道：“我们也不能老呆在露天底下呀，好歹给我们个安身的地方吧。”这样，周作人才被允许睡在自家的澡堂里。半个月后，张菼芳再次向红卫兵求情，这次总算在漏雨的小厨房的北角为老公公东拼西凑搭了个铺板床，让他卧在上面。
红卫兵为周家规定了生活标准：老保姆15元，周作人10元。他们告诉粮店，只允许周家买粗粮。周作人一日三餐只能就着臭豆腐喝点玉米面糊糊。由于营养不良，又整日被囚禁在小屋里，他的双腿很快就浮肿了。张菼芳只能到药铺买点维生素片，等红卫兵熟睡后，偷偷塞给周作人，周感激地堆儿媳说：“我还不如早点死掉算啦，免得这么连累你们。”
到九、十月间，周作人两次写“呈文”，让儿媳偷偷交给派出所。两份呈文内容都很短，大意为：共产党素来是最讲究革命人道主义的。鄙人已年过八旬，再延长寿命，也只是徒然给家人添负担而已。恳请公安机关，恩准鄙人服安眠药，采取“安乐死”一途。但“请准予赐死”的“呈文”交上去后，就如石沉大海。
1967年4月末，周作人屡屡表示不想活了，他对儿子说：“我不如死掉还舒坦一些，也不想连累你们大家了……尤其是菼芳。她是外姓人，嫁到周家，跟着咱们受这份罪，实在对不起她……”他又加上一句：“我是和尚转世的。”