1967年5月6日早晨，张菼芳照例给公公倒完马桶，为他准备好一瓶开水，就上班去了。下午两点多，住在同院的邻居，偶然从窗子往周作人的屋里看了看，只见老人趴在铺板上一动不动，姿势很不自然。他感到不妙，赶紧打电话给张菼芳，让她回家。张赶回家后，发现周作人浑身早已冰凉。众人猜测，周作人大概是要下地解手时，猝然发病，连鞋都来不及穿就溘然长逝了。周丰一夫妇不可能将遗体送到医院去查明死因，只是匆匆销了户口，火化了事，连骨灰匣都没敢拿回来。
钱理群的《周作人传》中记载：“周作人逝世后，曾给周海婴寄去讣闻，海婴考虑再三，没有参加追悼会：鲁迅与周作人的后代之间终于没有任何来往。”
生前，周作人为许多人写过挽联，死后，却无一人作联来挽他。次年，在台湾的梁实秋写下《忆启明老人》一文，这是周作人去世时对他唯一的纪念文字。