当岳飞最先到达幽州时，蒙古军已经打了过来，燕云十六州一半以上的地区被蒙古军轻易攻破，许多州县全境被屠，百姓大批逃亡。岳飞率军主动出击，攻击蒙古军，因兵力过少而失利，但成功阻碍了蒙古军的行动，给蒙古军以很大的杀伤，保护了大量百姓顺利南归，逃脱了蒙古军的屠刀。随后狄锋和韩世忠也感到了幽州，三大将定下了协同作战的计划，以较少的兵力向蒙古军展开了反击，接连给予蒙古军以猛烈的打击，其时蒙古内部发生了变乱，蒙古军中又发生了疫病，于是退走，但燕云十六州三分之一的土地均落入蒙古军手中。
在得知蒙古军进占燕云之地后，赵构一再命令三大将进兵收复失地，但此时宋军主力已经在伐辽之役当中覆灭，三大将率领的军队多是新募之兵，缺少武器和训练，人数又少，是以三大将先后上奏朝廷，明现在的形势和困难，请求朝廷多以粮饷支援，假以时日，等兵马操练精熟，饷械齐备之后再行出击，收复失地。
三大将的又一次“抗命”让赵构恼怒不已，但因边塞局势不稳，他需要三大将守边，是以隐忍不发，还下旨褒奖了三大将一番，但对三大将请求粮饷支援的要求，则没有任何的回应。
万不得已，岳飞和狄锋、韩世忠商议后，开始采用宗泽当年守卫幽州的办法，屯田结寨，以期固守，但蒙古人没有给他们足够的时间，不久内乱平息之后，蒙古军便大举南下，可能是上一次从军队当中发生疫病得到了启示，蒙古军在围攻幽州时使用抛石机将大批因疫病而亡的兵民尸体抛入城中，结果使城中军民感染上了被称为“黑死病”的瘟疫，岳飞仅以身免。
为了医治全城军民，岳飞不知听信了谁的办法，以自己的血为材料制药，结果虽然医好了一些人，但他自己的身体却受到很大的伤害，最终幽州城被攻破，岳飞率军与蒙古军展开巷战，力竭身亡。
蒙古人对岳飞极为敬重，将其尸体以棺木盛殓，派宋军降卒送至狄锋镇守的檀州，狄锋将岳飞隆重下葬，立庙祭祀，并将岳飞死讯飞报朝廷。
得知岳飞战死，宋朝人人震恐，赵构更是吓得魂不附体，不久传闻蒙古军绕开狄锋和韩世忠的防区正向中原内地进发，流亡的百姓也将“黑死病”传了过来，赵构匆匆下诏表彰了一下岳飞，赐谥“武穆”之后，便率领宫眷大臣们弃了东京开封南逃。不久“黑死病”果真在中原地区及东京城蔓延开来，造成了大批宋朝军民死亡。
此时蒙古军也饱受“黑死病”的折磨，开始北返，狄锋和韩世忠所镇守的地方军民也大批染病，不知为什么，狄锋和韩世忠也做出了和岳飞一样的事，以自己的血制药救治军民百姓，再以治好的人的血继续制药，医治别人，但这样的办法仍然不能制止疫病的蔓延，狄锋不久忧愤而死，韩世忠独力难支，听从部下的劝告，仅率千余未染病的将士突围南返，战斗中韩世忠身受重伤，双手仅余四指，回到东京开封后又被言官弹劾擅离职守，其麾下将士不服，杀死言官抛入河中，赵构闻讯将韩世忠免职，遣回原籍，不久韩世忠郁愤而亡。
瘟疫向中原内地扩散，横扫整个长江以北地区。瘟疫所到之处，到处都是死亡的人。根据当时文人的记录，“如果有人染上瘟疫而死，那么所有拜访过他、和他做过生意甚至把他抬到坟墓里的人很快都会步其后尘。”在东京开封，瘟疫传染的速度是如此之快，以至于装满尸体的车子像洪水一般涌向城外，日夜不息。而据另一位文士的记载，在太原城，情景同样恐怖：“因为这种恶疾是借助呼吸道传染的，故当人们交谈时，即从一人传染至另一人。所有病者皆感觉剧痛难忍，有的人浑身颤抖；结果臂部及股部皆会呈现脓疱，大如豆核，它们感染并贯穿至体内，至使病者猛烈吐血。此种可怖症状医治无效，持续三日后即告死亡。不仅与患者交谈可招致死亡，就是从病者那里买到、接触到、拿到任何东西，都能受传染而死”。
面对突如其来的瘟疫，人们无法解释，更无法治疗。为了寻求寄托，人们便纷纷来到寺院，期望得到仙佛神灵的保护和安慰。在和尚道士的带领下，他们一起祷告，祈求神佛阻止这种瘟疫的蔓延。但是他们的祈祷没有任何结果。相反，死者越来越多，人们日夜不停地掩埋着送来的死者。为了阻止瘟疫的扩散，死者的房子被封闭，没有人敢踏进它们一步。
在黑死病的袭击之下，整个宋朝陷入一片恐慌。人们发现任何人一旦染病，几乎没有可能康复，其传播速度极其迅猛，似乎一个人就足以传染全世界。惊恐之下，人们甚至把仍然活着的染病者的门和窗全部用木板钉起来，最终让他们在里面饿死。根据当时的各种文献记载：由于恐惧深入人心，兄弟姐妹之间、叔侄之间、夫妻之间互相抛弃，甚至更有甚者，父母丢弃孩子而不加照料。人们纷纷抛弃病人，丢掉家产，以期保全自己。还有些人正好相反。他们认为及时行乐有利于抵御黑死病。于是他们饮酒放歌，寻欢作乐，不分昼夜。有时他们也闯进别人的房子，寻找愉悦感官的刺激。由于当时许多人舍家弃产，他们的这种行为得到纵容。结果，许多房舍成了公共财产，这些人使用别人的物品，仿佛在使用自己的一样。官吏几乎消失，因为像其他人一样，他们非死即病，或干脆把自己和家庭封闭起来，疏于职守。不过情况最常见的是，大批人离弃他们的城市、家园、居所、亲戚、财产，只身逃到乡下。结果这种行为更进一步助长了瘟疫的蔓延。