起初，三代确实调查了一番，只是，最后遭到了木叶高层的强大阻挠，甚至，木叶的几个大名同时出面阻止三代的行动，甚至以木叶村来威胁三代，如果再调查下去，他们就不会再支持木叶。
至此，三代总算明白了事情的一切，知道了镜的身亡与木叶高层之间有很大联系，为了不引起木叶村的动荡，三代放弃了调查下去的心思，为了给宇智波一族交代，木叶高层捏造了一个假证据，随便找了个替罪羊交给了宇智波一族，宇智波一族尚且相信木叶，便不再追究，终于，此事作罢。
过了些年，九尾来袭，四代身死，木叶都将罪责算在了宇智波头上，对宇智波一族痛恨到了极点，但是碍于宇智波强大的实力，他们还是压下了毁灭宇智波的心思。
再后来，宇智波一族出了一个绝世才，宇智波止水，宇智波一族都坚信着，有了止水，宇智波一族一定会再次走向昌盛，所以，当时宇智波族长富岳对于宇智波止水大力栽培，希望他尽快成长起来，所幸的是，止水并没有辜负宇智波一族人的期望，早年开启万花筒，并且拥有了不可思议的能力，别神！
同时，宇智波一族诞生了另外一个绝世才，宇智波鼬，作为宇智波一族族长的儿子，鼬被赋予的期望就更大了。和止水一起，他们并称宇智波双雄，在在宇智波一族人心中，两人便是宇智波一族的希望，明的一切都要拜托在他们的身上。
宇智波出现绝世才，而且还是两个！这样的事实让木叶高层震惊不已，此时，木叶村中几乎没有能和宇智波一族相抗衡的实力，就算是千手一族，也只剩下了纲手这一脉，根本就无人敢和宇智波一族相提并论。
看到两个新星冉冉升起，木叶高层已经预见了宇智波一族谋反推翻木叶政权的那一，终究，木叶高层下了决定，彻底毁灭宇智波，绝对不能让对于他们政权有所威胁的一族存活在世上。
这时，团藏早已设立“根”部，作为类似于明代东厂一般的存在，它行使着督查和守护木叶的职责，当然，此时，宇智波一族警署的职权早已被架空，整个木叶的治安方面可以都在“根”部的手中。
由于实力强大，毁灭宇智波一族的重任就交给了“根”部手中，团藏，一手策划了毁灭宇智波的计划，先是凭借职权强行夺取宇智波止水的万花筒，再是安排鼬，用佐助的性命做威胁，要求鼬一起参加宇智波的灭族计划。
鼬痛苦踟蹰，他从止水那里已经知道了团藏的一切，知道了宇智波一族无法摆脱被毁灭命运的事实，心神不安，“这就是命运啊……”
鼬还记得止水将自己的眼睛交给他时面色上的欣慰，“鼬，宇智波一族就拜托你了，照顾好它……”
只是真的能救得了宇智波吗？鼬清楚的知道，现在的宇智波，被木叶视作眼中钉的宇智波，无论如何都会被木叶毁灭，为了弟弟，他终于做出了决定，毁灭宇智波。
就算背上所有骂名，也要让佐助活下来。为了弟弟，鼬还是背叛了自己最好的兄弟，最好的朋友。同宇智波带土，团藏，以及“根”部精英，于月圆之夜，彻底杀死了宇智波的所有族人。
那夜，血色，曾经辉煌不可一世的宇智波终究被人毁灭，全族三百二十八人，除了佐助以外，无一幸免。
临死时，满脸的惊恐，双眼外凸，不可置信，腥红的写轮眼倒映出屠戮者的身影，厮杀，不停的厮杀，无论男女老少，统统化作刀下亡魂，血腥之气直冲际，让那圆月变成了血色。
死亡，冰冷的死亡……
“宇智波一族，命运多舛的一族……”
佐助神色默然，腥红的写轮眼看不出任何的情绪波动，读完长长的秘辛，身心具疲，用手撑住了身子，靠在书架前，面容上流露出苍白之色。
“一族，何为一族？呵呵，不论对与错，杀人总是不能被原谅。我是宇智波一族少主，无论是谁，对不起宇智波一族，我都不会手下留情。看着吧，我会用我的方式来振兴宇智波。就算手上沾满鲜血，就算堕入无间炼狱，我也要让宇智波一族真正的复兴！”
宽广的道场内，灯光遍洒，将周围的黑暗驱除，佐助盘膝而坐，身上光华涌动，黑色的查克拉凝而不散。
自从终结之谷一战之后，佐助体内的查克拉就发生了变化，原本的蓝色却是变成了黑色，气海之内，一片浓稠的墨色，那是丰沛的查克拉波动。
如此变化，佐助料想应该是炼妖壶在作怪。
上次被邪恶之力入侵，查克拉发生巨变，蓝色的查克拉被尽数黑化，邪恶诡异的煞气影响了查克拉的性质，虽然将那股邪恶之力从体内驱散，但是查克拉的颜色却是无法变回，这就是后遗症吧。
查克拉颜色改变，佐助并没有任何的反感，比起蓝色的查克拉，黑色查克拉蕴含的能量更加强大，这次查克拉的变化是质变，虽然量没有增加，但是，佐助感觉到自己的实力比以前更加强大了几分。
此时，佐助灵觉一动，睁开眼睛，下一刻，道场的木门咔咔打开，一个紫色的身影出现在门口，却是香磷。
香磷眉目含笑，手中端着托盘，上面是新沏的清茶，走到佐助跟前，跪坐下，将茶盘放在榻榻米上，“还在修炼啊。”
佐助打量着面前的香磷，却见她仍然穿着平时的衣服，紧俏的皮裤，红色的长发，黑色无框眼镜，此时，后者的那双丹凤眼也注视着他。佐助微微一笑，道：“嗯，修炼之事必须持之以恒，而且，为了尽快提升实力只能如此了。”
“佐助还真是刻苦呢，难怪实力那么强大。”香磷双眼眨巴着，里面闪露出艳羡的神光，“如果我也有佐助这样强大的实力就好了。”