6月9日，前线副总指挥率中纪委有关人员抵福州。第二天上午，同省委、省纪委等有关方面负责同志会面。他通报了尉健行、罗干等中央领导批示，说明已组建专案组，准备彻底查处厦门走私大案，希望得到福建有关方面的配合与支持。
赖昌星自从知晓“4·20”批示内容以后，已从多方面实施了挽救颓势的措施：其一，赖携5000万钱款进京多方打点，企图摆平事件。然而，努力并未取得任何结果。在中央下了决心以后，北京方面在李纪周被“两规”的情势下，无人敢轻举妄动，哪怕发表关于查处的反对意见也被认为是越了“雷池”，查处厦门案的总趋势是无法改变了。现在的努力是要让查处搁浅，造成查不下去的局面才是上策。到那时，才可出来说话；其二，赖组织关系网内的律师，有关媒体的栏目主持人，有关创作人员，为其鸣冤叫屈，也未见成效。为此，赖昌星继续在全面销毁走私证据方面狠下功夫。他自己办公室的电脑硬盘被拆下，扔到了白鹭洲湖中。侯小虎系赖昌星走私集团中的骨干分子，他到口岸各环节找人谈话，晓以利害，布置再检查一遍，一定要做到不留下有关走私的任何证据；并且，赖昌星将掌握走私核心机密的人员作了排队，让这些人随时准备离境出去。
6月10日，专案组领导向省高层领导通报的内容，赖昌星当天就掌握了。专案组当时对此还未有所察觉。
6月20日，专案组领导率章国胜、吕滨、孙文健等几个司局长飞抵福州。此行目的是与省市有关方面，落实联合行动计划。21日上午，福建省、厦门市有关领导、纪委、政法委、公安厅、局的负责人出席会议。会议气氛热烈，开了一个上午。湛江走私大案侦破的重要成功经验之一，就是“特案特办，快速抓捕”。1998年9月8日，中央批示查处湛江大案（所以专案代号为“9898”），至9月底走私主犯和主要腐败分子几乎全部落网。因此，“4·20”专案的领导两赴福州，就是为动手抓捕赖昌星等走私要犯作好组织准备。
专案组领导云集福州的同时，章局已受命布置调查局从各地海关抽调办过大案的好手共18人待命。一旦专案组下令动手，18人即可当天赶到厦门，执行作战方案。
然而，21日上午会议刚结束，专案组领导便接到厦门侦查人员报来的消息，赖昌星等走私骨干分子已于6月11日始相继外逃。
根据技侦手段获得信息，是有人通风报信。专案组组织抓捕赖等要犯的信息是在6月10日晚被通报给赖昌星的。向赖通报专案组行动计划的有北京和福建两地的渠道。由于通风报信者采取了防范措施，无法落实到具体人头上。
另据侦查得知，直到赖昌星逃走前夕，走私活动还在继续。就在5月16日，驻厦门部队某部向海关提供情报：“大鹰”号外籍油轮走私柴油5000吨。海关对该船在港内偷卸走私油虽有发现，但未及时拿获。待到6月17日将“大鹰”号油轮押回厦门时，船上仅剩500吨柴油。而赖昌星集团的核心人物林清辉，打电话告知调查处某处长：“大鹰”号所载之油是远华公司的。后来，调查处某处长就事论事象征性处罚了一下。另外，据侦查到的信息，赖昌星的香烟走私还在搞。