然而，由于日军在中国的占领区急剧缩小，资源开发遭受严重破坏，以及英美盟军的轰炸和海上封锁，致使日本国内资源枯竭，储备告罄，粮食进口断绝。至1945年3月，日本的石油储备仅有40余万吨，钢材储备量只有26万吨，国内产米仅有300万吨，人民处于饥饿状态。工人罢工，农民抗交粮税，士兵逃亡、自杀等事件不断发生。日本统治集团哀叹：“战败虽属遗憾，但已无可避免。”
日本本土已乱成一团，侵占中国大陆的日军主官也频频更换。中国派遣军总司令俊六被调回国内担任教育总监，冈村宁次在一片萧瑟中成为俊六的替代者。日军大本营在看不到前途、找不到出路的痛苦中，疯狂地不断出台各类紧急措施。
但即便到了这个地步，日军大本营仍要孤注一掷，准备在其本土和中国占领区内进行最后的决战。4月18日，日军大本营指令中国派遣军收缩华南兵力以加强华北和华中的重要地区。6月，中国派遣军确定了新的作战计划，决定以主力控制华中、华北地区，同时挫败进犯沿海重要地区的美军，以策应本土作战。根据这一计划，侵华日军第6方面军及第23军先后由广西、湖南和江西向华中、华北撤退兵力，以加强华中、华北重要地区，特别是沿海地区美军可能登陆地段的防务。
晋察冀军区部队为消灭日伪军、扩大解放区、缩小沦陷区，在战区内进行的战略性攻势作战。
1945年1月出台的《帝国陆海军作战计划大纲》中，日军已决定“以南千岛、小笠原群岛、冲绳本岛以南的各岛、台湾以及上海附近为进行纵深作战的前缘”，同时改变了主要作战对象，“将中国大陆的作战，转变为以美军为主要敌人的作战。以上海和华南地区为准备重点。”（复旦大学历史系日本史编译组：《日本帝国主义对外侵略史料选编》）
在此期间，美军先后夺取菲律宾，攻陷硫磺岛，又与中、英军一起收复缅甸。日本的“南防卫圈”全线崩溃，战火正向日本本土烧来。
日军大本营判断，美军将于6月以后，在日本的九州、四国等地登陆，初秋以后会在本州岛的关东地区登陆。因而日本必须在此之前，以关东和九州地区为重点，完成本土作战的准备：扩充本土兵力（明令规定凡属15岁至60岁的男子和17岁至40岁的女子均为国民义勇战斗队队员），加修重点地区的工事，竭力提高军需生产；力争在7月前，使本土总兵力达到250万，飞机7000架。