为了作最后的挣扎，1945年初，日军大本营拟定了1945年上半年的战争指导方针，这一指导方针的基本思想是：继续进行与盟国军队决战的准备，加紧完成日本本土及在中国占领区的防御部署，使日本本土和中国占领区成为决战的基地，主要是加强中国东南沿海地区长江下游和上海周围地区以及海南岛的兵力和战备，以便在盟军进攻时，能发挥最大的战斗力，与之决战。
中国派遣军根据大本营提出的方针和任务，于1945年1月29日下达转入新的作战准备的命令。
将第23军由第6方面军抽出改归中国派遣军直辖，并令其在3月底以前完成在中国东南沿海对盟军作战的准备；令第13军于夏初完成在长江下游地区对盟军作战的准备；令华北方面军于夏初完成在青岛方面对盟军作战的准备，同时确保华北占领区；令第5航空军以主力加强在中国沿海方面对盟军作战的准备。此外，还命令第6方面军确保粤汉、湘桂铁路沿线占领区，并作为同中国军队作战的主力。为实现上述战略部署，大本营对兵力进行了如下调整：
6个师团的增编：2月28日，在杭州编成第133师团，并编入第6军战斗序列。4月12日，编成第161师团，并编入第13军战斗序列。同日，编成第129、130师团，并编入第23军战斗序列。4月20日，在广东韶关编成第131师团，并编入第23军战斗序列。4月29日，在湖北当阳编成第132师团，并编入第6方面军战斗序列。
13个独立混成旅团的增编：2月10日，以第12野战补充队为基干编成独立混成第92旅团，并编入第12军战斗序列。2月20日，以第4野战补充队在扬州编成独立混成第90旅团，并编入第13军战斗序列。2月25日，以乙支队在福州编成独立混成第62旅团，以甲支队在温州编成独立混成第89旅团；以第11野战补充队一部为基干编成独立混成第91旅团。上述各旅团均编入第6军战斗序列。
3月10日，以第5、9、10野战补充队分别编成独立混成第83、84、85旅团，并编入第34军战斗序列；3月10日，以第1、2野战补充队编成独立混成第81、82旅团，并编入第20军战斗序列。3月30日，在湖南宝庆编成独立混成第86旅团，并编入第20军战斗序列。
4月20日，在衡阳编成独立混成第87旅团，并编入第20军战斗序列。4月29日，在广西全县编成独立混成第88旅团，并纳入第11军战斗序列。
13个独立警备队（相当于旅团）的增编：2月28日，在南京编成第1独立警备队，并编入第13军战斗序列。
3月9日，在北平编成第3独立警备队，并纳入华北方面军直辖；在大同编成第4独立警备队，并编入驻蒙军战斗序列；在山西运城编成第5独立警备队，并编入第1军战斗序列；在郑州编成第6独立警备队，并编入第12军战斗序列；在北平编成独立第7警备队，并编入华北方面军直辖。4月，编成第2、9、10、11、12、13、14独立警备队。其中将第10、13、14独立警备队编入第12军战斗序列，将第9、11、12独立警备队编入第43军战斗序列，将第3独立警备队编入第20军战斗序列。
为了加强中国东北和朝鲜方面的兵力，1945年5月30日，大本营将第34军之第39师团、华北方面军之第59、63、117师团编入关东军战斗序列。上述各师团于6、7月间移驻中国东北。
此外，根据大本营1944年11月1日的命令，1945年1月至3月间，将第47师团由日本国内调到湖南省南部，并编入第6方面军战斗序列。
根据大本营1944年12月的命令，1945年1月间将第11军之第37师团调往越南，编入第38军战斗序列。1945年1月13日，大本营下令将属第11军指挥的第22师团调归南方军，编入第18方面军战斗序列。
1945年1月25日，大本营下令将关东军第6军司令部调归中国派遣军属下。
1945年3月22日，在山东地区编成第34军，并编入华北方面军战斗序列。
1945年6月17日，大本营下令将第34军司令部调归关东军，其所属部队编入第6方面军战斗序列。
经过上述调整，至1945年8月15日大本营宣布无条件投降时，侵华日军（中国派遣军）以冈村宁次大将为总司令官，小林浅三郎中将为总参谋长。下辖华北方面军（辖第1、12军，驻蒙军、第43军、方面军直辖兵团）、第6方面军（辖第11、20、13、6、23军），以及航空部队。以上共计26个师团、1个战车师团、22个独立混成旅团，11个独立步兵旅团、1个骑兵旅团、13个独立警备队、1个特别警备队。