杨乃武的姊姊杨菊贞在同治十三年三月下旬离开的余杭，由舅父姚贤瑞陪着，一路上晓行夜宿，急急赶路，到京时已经是同治十三年六月中旬了。正是浙江巡抚打算要重审杨乃武案的时候。
杨菊贞急急赶进京来，先找了族叔杨增生，把杨乃武的事情，细细说了一番。杨增生一听着急道：“看来杨乃武是犯到了小人手里。孔子曰：君子而不仁者有矣夫，未有小人而仁者也。刘锡彤既是个小人，就不会存仁心。好不容易将杨乃武拿住，只有往死里整的心，决没有宽容的希望。我想此时杭州三审都已完毕，用不了半个月，就会有消息传到刑部。如果仍是按着余杭县的原判，没有为我侄杨乃武辨冤。我便设法将状子递到都察院的都御史那里。我在都察院经历厅任六品经历官多年了，左都御史广寿与我是极熟的，一定能帮上这个忙。”（左都御史是都察院的最高长官，相当于最高人民检察院检察长的级别和权力）
杨菊贞听杨增生说能将状子递到左都御史手中，料想就算是这个案子在浙江定了，到京中也必会由都察院驳回。十分高兴，说道：“我二弟的事情就让您费心了。”
杨增生道：“这说的是哪里话，杨乃武也算是我同族的侄子，又遭的是冤案。我能眼睁睁的看着我杨家人被人家欺负不成。如果是这样，将来我还有脸回家乡么？”
“多谢叔父。”
“你可写了状子？找了抱告没有？”
“叔父，状子已经写成，抱告就是我的舅父姚贤瑞。”（因为当时女人是不能随便递呈告状的，所以一般要有“抱告”代为呈状。）
“我这里后院尚有空宅，可安排你住下。只待浙江省的案卷一到，我就通知你。一路辛苦，早些安歇吧。”
杨菊贞住在杨增生家，只待浙江省的消息。到了七月初的时候，果然浙江省以“无冤无滥”的判语审结，按照杭州府（实际上是代替浙江按察使司审理）原拟罪名判定，交由刑部复审。
杨增生知道了消息，急忙让姚贤瑞捧了状子去找广寿申冤。果然是有了熟人好办事，广寿接了状子，立刻调了杨乃武的案卷细细审阅。也看出其中疑窦从生，矛盾之处甚多，当即奏闻朝廷。不久慈禧批下谕旨，拿将此案发回浙江重审。
都察院的复审咨文于当年九月初八到达浙江。杨昌睿见刑部没有批准呈文，反倒由都察院发还复审，顿觉忧心忡忡，唯恐将自己收受三万五千两白银的事情抖出来。为与此案撇清关系，他并未亲审，而是委派湖州府知府锡光代为审理，又派绍兴府知府龚同绶、富阳县知县许加德、黄岩县知县陈宝善，一同来杭会审。为了表示自己大公无私，不偏不倚，此次会审的所有差役都不用杭州府的，而是将绍兴府和湖州府的部分差役调来。杨昌睿可谓是用心良苦，不亲自审案，以后再有了事体也可推脱；又有几个府县长官撑门面，显出他对杭州府并不信任，今后即使翻案，也不会怀疑他曾经收受贿银，只推说是一时失察即可。这也是他长年作官的决窍，多年练就的推功。
同治十三年十月十四日，杨乃武案在杭州总捕厅开始会审。这次会审，关防十分严密，人犯提齐后就立刻封门，不许百姓等其他无关的人观审。在总捕厅审过一堂后，又调换到水利厅衙门过了四次堂。
因为左都御史广寿特别关照，不许刑逼犯人。因此小白菜也看出了与以前不同，渐渐胆大起来，她本就不想攀扯杨乃武，因为听何春芳骗说这个案子一定不能翻案，只有攀咬了杨乃武才能不受千刀万剐之刑，杨乃武也只是革掉举人的功名而已，也不会受大牵累。但两审下来才明白，自己还是给定了凌迟大罪，杨乃武却是斩立决的死罪，还牵累了一个叫做钱宝生的人。心中又悔又恨，哪里还愿意再咬杨乃武，在大堂之上哭道：“小妇人不敢说谎，实是何春芳教我攀咬杨乃武的。小妇也并未毒杀亲夫，还求大老爷明鉴。”
只这一句，把全堂的人都吓得一跳，面面相觑，不知如何是好。蒯贺荪急忙将一应人犯都下在监内，当日不敢再审。
第二天，又将关键证人钱宝生提到堂上问话。钱宝生本来是与何春芳约好不到堂对质的，但复审之时哪里还由得他。两名衙役如老鹰掐小鸡似的将钱宝生带到杭州。钱宝生也是后悔不迭，恨自己不该轻信何春芳的谎话，到了堂上便道：“各位老爷、大老爷在上，小的就说了实话吧。从前余杭县的老爷派何春芳找到我，让我说杨乃武曾经到过小铺买砒霜。其实并无此事，因为何春芳说，我如果不承认就要治包庇之罪，承认了反而无罪，而且不必到堂对质，所以我才写了供状。现在却又把我叫过来，出尔反尔，我可不干了。情愿受伪证之罚，也不做这昧良心的事了。”
钱宝生这么几句话，又把全堂的人吓了一跳，下面更是无法审了，只得又将一应人犯下到狱中，商量对策。
商量了几天也无办法，只好先审其他人证。葛品连的母亲倒是死咬住杨乃武不放，说自己亲眼见过杨乃武与小白菜在自家门前私语，葛品连刚刚暴亡，自己也从小白菜的口中追问出毒毙葛品连的话来。但这又与她当初所递状纸不符。状纸上写的是葛品连死因不明，小白菜言语支吾，情似可疑；也未提到杨乃武与小白菜私语的事。这样矛盾的证词，让几个审官哭笑不得。眼瞅的越审越乱，就要翻案，几个知府、知县只好暂停审理，将此事报知巡抚杨昌睿。
杨昌睿一来是收了杭州知府陈鲁和余杭知县刘锡彤的银子，二来也觉的最好是审定了此案，不许再翻，今后的麻烦才能少一些。所以坚令各审官，务必不能翻案。
几个审官听了，都觉进退两难。绍兴府知府龚同绶道：“葛毕氏已经翻口不认此案，又不能动刑，还咬出刘锡彤的师爷何春芳。这样的变故，如何能压得住？”
湖州府知府锡光也道：“重要人证钱宝生也当堂反口，而且也将矛头直指何春芳，说是何春芳诱供。这更是一难。”
富阳县知县许加德道：“由于时隔日久，重要人证说法前后矛盾，根本无法纪录。”
黄岩县知县陈宝善道：“特别是那个杨乃武，口中振振有词，实在是很能狡辩，说的也条条在理，下官实在是无法再审。”
杨昌睿听了才知道事态严重，急的直冒汗道：“你们都只长了个会吃饭的脑袋，几个人搞不定一个杨乃武。朝廷给了三个月的期限，到明年二月还审不出来的话，就要派钦差奉旨来杭亲审。若真走到了那一步，我先摘了你们几个废物的顶戴。”
正在杨昌睿气急败坏的时候，蒯贺荪从外面一路小跑进来，一进屋来便喘着气嚷道：“方才在西花厅门前、门前，刚刚收、收、收到的八百里……”
杨昌睿见他喘的说不上话来，一把将他手中的八百里加急文书夺在手中看了一遍，惊道：“皇上驾崩了。”