回京之后，他立即进入紫禁城面圣。
御书房内，听闻太监来报秦书淮求见，崇祯立即从座椅上起来，道，“请他进来”。
秦书淮进门后，看到崇祯就站在进门后两三步之内等他，也是有些意外。
“秦兄，几日不见，朕好生想你啊！”崇祯见到秦书淮，立即上前握着他的手道。
秦书淮知道，崇祯又是亲迎又是好话，大概是想弥补一些心中的愧意。这也可以看出，崇祯不想因为这件事影响他们之间的兄弟感情。
既然这样，那么事情还好办一些。
秦书淮规规矩矩地向崇祯行君臣之礼，不过到中途就被崇祯扶起了。
“秦兄旅途劳累，不必如此拘礼。”着，又对太监道，“你们都出去吧。”
太监出去后，崇祯又拉着秦书淮在地毯上坐了下来。秦书淮每次过来，他们都是席地而坐。一来是御书房之内只有他一把龙椅，除非他赐坐否则就没秦书淮坐的地儿。二来这已经成了他们独有的沟通方式，崇祯刻意保留这种方式，就是想告诉秦书淮，他在他心里和别的大臣不同。
两人坐下之后，崇祯道，“秦兄的奏折朕看到了，没想到秦兄刚到三边才不足半月，不但收了东林党的兵权，还顺手剿了三万多贼寇，呵呵，朕看到奏报之后，都忍不住为秦兄叫好呢。”
秦书淮淡淡一笑，道，“臣不过是略尽薄力而已。有皇上的圣旨，臣拿下三边自然是顺理成章。至于打贼寇，那就更没臣什么事了，主要还是贺总兵带着将士们浴血奋战，生生以两万之师拦住了高迎祥六万大军，臣不过是去打扫战场的。”
崇祯道，“秦兄就不要过谦了。此次韩城之役若无秦兄你运筹帷幄，绝不至如此顺利，朕是知道的。来，秦兄，朕要给你吃个好东西。”
“什么东西？”
崇祯一脸神秘地起来，亲自走到书桌前，端来一个铜盘。铜盘上头，有一个圆形的罩子罩着。
“你猜是什么？”
“臣又没有透视眼，可猜不出来。”
崇祯笑道，“秦兄可真无趣。那朕给你揭晓答案吧，看好了！”
着，崇祯揭开了铜罩，顿时一股扑鼻的清香穿了出来。
秦书淮定睛一看，是一盘糕点。
崇祯道，“秦兄，这就是朕以前跟你提起过的江南一品堂的桂花枣泥糕！嘿嘿，今刚到的，朕都舍不得吃，就等秦兄你来呢。”
秦书淮想起来了，那下午他第一次和崇祯见面之时，他正在往嘴里塞糕点，被崇祯瞧见后，崇祯江南一品堂的桂花枣泥糕才叫好吃。
没想到过了这么久，他还记着。
秦书淮心道，崇祯为了降低自己的不满，倒也是煞费苦心了。不过虽明知崇祯这么做有帝王心术的成分在里面，却也依旧觉得，崇祯同时也在努力维持这份兄弟情谊。
道，“皇上，你不是这东西保鲜不过二十个时辰，从江南运过来劳民伤财么，怎么这会儿也奢侈起来了？”
崇祯呵呵一笑，“朕身为一国之君，偶尔奢侈一下也不过分吧？这桂花枣泥糕朕可是盼了很久呢。这次锦衣卫去押解浙江巡抚王化贞入京，朕就以权谋私了一把，让几个锦衣卫买了枣花糕，先行一步，快马加鞭给朕运过来。朕都算好了时间的，枣花糕一到，秦兄你差不多也该到了。现在看看，也就超过了两个时辰，应该还算新鲜。”
着，崇祯拿了一块递给秦书淮。
秦书淮吃了一口，味道果然不错。
吃了会枣花糕，秦书淮觉得该点正事了，于是道，“皇上，那王化贞已经押解入京了？”
“还没有，应该还要过几才到京城吧。对了，这次朕让你回来，正要和你商量这事呢。”崇祯压低声音道，“如今三边兵权已收，朕已决意向东林党开战。事关重大，朕没有秦兄在身边坐镇，心有不安，所以才急诏秦兄进京的。”
秦书淮微微一笑，心想崇祯这个理由找得倒是让他无可挑剔。
皇上急着对付东林党，所以把你从三边招回来，明你在他心里很重要，这话放哪儿都没毛病。
秦书淮也相信崇祯接下去是要准备对付东林了，而且肯定还会继续重用自己，让自己来主导这场斗争。
不过，这也无法掩盖崇祯不想他染指三边兵权的事实。
原因很简单。秦书淮早跟崇祯过了，对付东林党的事，可以等他回来再办，当时崇祯也是同意的。如今东林党又没有要造反，甚至连王化贞被拿下，他们都没有多大的反弹，所以根本没必要把这事提前。而在三边，秦书淮刚刚给了高迎祥沉重一击，开了个好局，此时把他招回来，再换个主帅，明眼人都能看出来不合适。
不过秦书淮也不拆穿，只是顺着崇祯的话道，“皇上可想好如何对付东林党了？”
崇祯道，“朕只想了大概，不过想必秦兄早已成竹在胸了。所以，这次还是请秦兄来坐镇指挥，朕只给你唱个配角就好了。呵呵，有秦兄在，朕可不用操那么多心，是也不是？”
秦书淮苦笑一声，道，“皇上，有句话臣不知当讲不当讲。”
“秦兄快，又怎么和朕绕圈子了？朕可是和你一起逛窑子的交情。”
秦书淮点了点头，“那臣就了。臣以为，东林党已失三边，早已不足为惧。眼下大明真正的心腹大患，是各地剿而不灭的流寇。臣之前建议，先清三边匪患再灭东林，就是这个道理。如今三边匪患未除，皇上若是急着剿东林，臣怕到时各地动荡，给各地流寇以坐大之机。臣甚至担心，有些东林督抚会带着嫡系兵马，与流寇狼狈为奸，到时候局面就更加无法收拾了。”
崇祯微微一愣，脸色稍显凝重，深眉紧锁地沉默不语。
秦书淮继续道，“先平匪患再灭东林，则两者可分而歼之，因东林不到绝境绝不会和流寇勾结。但是皇上若是要先灭东林而后平匪患，那么东林在走投无路之下，与流寇互相勾结就大有可能了。此事还请皇上务必三思。”