曾国藩和郑敦谨在上奏的同时，把供招抄录分送军机处、刑部存案。郑、曾这一手很厉害，首先存案，造成既定事实。意思很明白，这就是最后定谳，已经入档了，再审也不过如此，绝不能翻案。郑、曾还在会衔复奏时，特别附了一个夹片，陈明“实无主使别情。”但又说“该犯供词，尚属可信。”前边意思是没有其他情况了，后面又说此供词只是可信，并不一定就是事实。这一模棱两可前后矛盾的措词竟被慈禧通过了。其实他们上夹片的意思就是请慈禧、慈安、同治帝及军机处多多担待，不要再生枝节。由于郑敦谨之前上的密折，以及慈禧通过其他渠道对案情的了解，慈禧明白此案只能是一个糊涂案，深究无益，反而会给朝廷带来麻烦，因此她也不得不最终接受这一事实。当年三月二十六日，谕旨下达，以“漏网发逆，复通海盗，挟嫌泄愤，刺杀总督大员”定谳，肯定了郑、曾的奏结。直到朝廷批复下达，会审官孙衣言、袁保庆仍抗旨拒不画押。但此时这个案子已经彻底将他们排斥在外了。
说到慈禧定案，其中还有一个插曲。本来同治帝是依了两宫皇太后的意思，对刑部的申报作了批示。但皇后阿鲁特氏听说了此案，因为这个案子甚奇，十分关心。看了刑部的申报和郑、曾二人的折子以及张问祥的供词后，觉的疑点重重，对同治分析道：“表面上此案为张文祥新仇旧恨积聚成仇。但细细分析，任何一点都不能成立。首先，张文祥因为一品大员不帮他找回老婆就起谋害之心，这实在是无法理解；马新贻查禁押当，是地方政策，并非针对其一人，利益受损的也不止张文祥一人，他不过一介草民，失去财产并不多，况大丈夫何处不可安身，难道真是被逼的走投无路了，要与马新贻同归于尽？此理也讲不通；折子上说张文祥开押店，勉强过活，那就说明他虽受程速台资助，但所受有限，这也不值得他去冒这么大的风险，为程速台卖命。张文祥仇恨三年不改其志，必欲杀马新贻而后快。即使将这三条理由都加起来，也无法让一个常人积聚起如此大的仇恨。我看马新贻因小节而背义，遭至杀身之祸的事，倒可能是真的。如今国家内忧未平，外患日甚，朝中官员都应当至力于治理国事，为国出力，岂能象马新贻那样腐败贪欢。我看要严肃官纪，依事实断案。张文祥杀马新贻，本应算杀害‘不拒捕奸夫’，依‘擅杀律’，判个缓期执行的绞刑即可。”
同治帝也觉得慈禧太后建议不当，而皇后阿鲁特氏的说法更有道理。他接受了皇后的见解，依着她的话批下奏章。慈禧太后知道后，气得大骂同治帝是昏君，不听她的话却听信皇后的一派胡言。逼同治重新改过批文。从此，西太后也更加嫉恨阿鲁特皇后，为以后逼死同治皇后埋下伏笔。
同治十年（1871年）四月初四，曾国藩奉旨监刑，将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。据说用的是“鱼鳞剐”，一片片细割。张文祥的儿子也一并被杀。张文祥早就料到有这么一天，对此毫不在意。但让他吃惊的是，事实并没有象曾国藩答应他的那样，让他在清史上留下一个侠义的名声。“因妻为人诱逃，呈控未准审理，心怀忿恨，又勾结海盗乃乘闲刺杀总督大员。着将该犯比照谋反叛逆凌迟处死，并摘心致祭。”不知张文祥临死前听到这样的判词会怎样想？曾国藩是否成为他平生最恨之人呢？
朝廷对马新贻的恤典甚厚：入贤良祠，以总督阵亡例议恤，赠马新贻太子太保，予谥号“端愍”，意思是为官清正，死得可惜。又赐其后代子子孙孙可世袭“骑都尉兼云骑尉”的职位。这些恩赐总算仁至义尽。在历史上，马新贻还算是有一点儿政绩的，在任上废除了一些无名之费，扰民陋规，惩治湘军游勇，打击海盗，兴修水利等。他死后，在他任职过的江宁、安庆、杭州、海塘，都有百姓为他建立专祠。
袁保庆吃了个哑马亏，虽心怀不满却也没有办法。孙衣言却是个极有文采的人，有笔在手，不争一时争千秋。他为马新贻所撰的墓志铭，秉笔直书：“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽刺杀我大臣，非律所有，宜以经断用重典，使天下有所畏惧，而狱已具且奏！衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之所以奋其愚戆为公力争，亦岂独为公一人也哉！”意思是张文祥彪悍狡猾，不用酷刑是无法得到实情的。必须查明实情，找出藏在其背后的叛臣贼子，用重典来惩治，这才能让天下怀二心者有所畏惧。但如今我虽然没有签字，主审官仍然匆匆结了案。我之所以奋力为马新贻力争，难道仅仅是为了他一人么？我是为了大清江山啊。
孙衣言的文章一出，震惊朝野，舆论大哗。慈禧太后虽知道其中大有隐情，可总不能为了一个死人，去动摇大清江山啊。斯人已作古，让他去吧，无非加恩赐恤，以慰忠魂，也就够了。
郑敦谨极爱惜自己声名，当年立志以夔、皋、伊尹为榜样，锐意进取，欲要陶铸人心，转移世风。如今却做下这种违背良心和本性的事，心情很糟糕。听说孙衣言为马新贻作的墓志铭后，更受刺激，决意离开政坛上的倾轧虞诈，不再涉足官场。未等圣旨下达，更没等张文祥正法，他悄悄的离开了江宁。
郑敦谨走到清江就停了下来，打发两个郎中代他回京交旨，声称有病不能回京。新任漕运总督张兆栋在清江将郑敦谨接到督府，劝他道：“老前辈圣眷优隆，老当益壮，着实还有一番桑榆晚景，何以忽有浩然归去之志？”
郑敦谨苦笑道：“九陌红尘，目迷五色，我真的厌倦了。早归早好。如今还算走的晚了，若是早归一步，我的名声也不会被沾上这个污点。”
钦差大臣不回京交旨，按清制是要治罪的。曾国藩觉得有点对不住这个湖南同乡，借巡视地方为名，到清江去看他，百般安慰，劝他回京赴任。朝廷也迭下谕旨，命其回京。他以有病为托词，请求开缺，并终生不再为官。
郑敦谨的名声大，慈禧虽然对他半路扔顶戴的事不高兴，但不愿意为这事在朝野上下惹起口舌事非。她将对郑敦谨的怨气撒到了两位刑部郎中身上。郑敦谨的两个助手回京后悄然消失。六月，颜士璋被放到兰州，虽是给了一个没有实缺的知府，与充军流放所差无几，不久回籍赋闲。伊勒通阿于八月十九日“给全俸以养余年”，也回老家去了。
曾国藩因将张文祥刺杀总督案办得天衣无缝，受到朝廷上谕嘉奖。曾国藩、魁玉、梅启照等人都交部优叙。
第二年三月十二日，即同治十一年（1872年），曾国藩病逝于两江总督任上，终年62岁。是月，清廷闻讣，辍朝三日。追赠太傅，谥文正。
赋闲在家的颜士璋后来写了一本《南行日记》，记述了赴宁审案的全部过程。据他的曾孙颜牧皋说，日记中写道：“刺马案与湘军有关。”“刺马案背后有大人物主使。”但此日记已经失传。